Japanin puolustusministeriö (jap. 防衛省, Bōei-shō) on yksi Japanin valtionhallinnon ministeriöistä. Aikaisemmin se oli Japanin puolustusvirasto (jap. 防衛庁, Bōei-chō), ministeriö siitä tuli 9. tammikuuta 2007[1] edellisen vuoden joulukuussa hyväksytyn lain perusteella. Ministeriön päärakennus sijaitsee Ichigayan kaupunginosassa Shinjukun erillisalueella Tokiossa. Puolustusministeriö on Japanin hallituksen suurin ministeriö: vuonna 2005 sen henkilökuntaan kuului 276 890 vakituista työntekijää, joista 253 180 oli sotilaita.lähde?
Puolustusministeriön täytyy hallituksen ministeriönä olla Japanin perustuslain artiklan 66 mukaan olla täysin siviilihallinnassa.
Puolustusvoimien ylin komentaja on pääministeri, joka on vastuussa suoraan Japanin parlamentille. Kansallisessa hätätilassa pääministerillä on valta komentaa Japanin itsepuolustusvoimien eri osat liikkeelle parlamentin suostumuksella. Äärimmäisessä hätätilassa suostumus voidaan hankkia myöhemmin.