Johann Büttikofer (9. elokuuta 1850 Ranflüh – 24. kesäkuuta 1927 Bern) oli sveitsiläinen eläintieteilijä.
Büttikofer opiskeli biologiaa Bernissä. 1879 hän liittyi Leidenin kuninkaallisen eläinmuseon (Royal Zoological Museum) henkilökuntaan ollen kuraattori 1884–1897. Hän teki 2 tutkimusmatkaa Liberiaan, vuosina 1879–1882 ja 1886–1887. Vuosina 1893–1894 hän osallistui Anton Willem Nieuwenhuisin tutkimusretkelle Borneoon.
Büttikofer toimi Rotterdamin eläintieteellisen puutarhan johtajana 1897–1924. Vetäydyttyään virasta hän asettui Berniin.
Büttikofer kuvaili linnuista muun muassa viherlurin (Trichoglossus weberi) 1894.