Johann Ernst Altenburg (15. kesäkuuta 1734 Weißenfels – 14. toukokuuta 1801 Bitterfeld) oli saksalainen säveltäjä, urkuri ja trumpetisti.
Hänen isänsä Johann Kaspar Altenburg (1688–1761) oli myös muusikko ja konserttitrumpetisti. Hän aloitti opettamaan poikaansa muusikoksi jo varhain, Johann Ernstin ollessa vain 2-vuotias. Aikuisiän saavuttaessaan Johann Ernst oli taitava trumpetisti, muttei onnistunut löytämään töitä sellaisena. Hän opetteli soittamaan urkuja ja kaksi vuotta kestäneiden opintojen jälkeen muutti ulkomaille. 1767 hän muutti Landsbergiin lähelle Hallen kaupunkia, jossa toimi urkurina. Hänen palkkansa oli huono ja hän kuoli köyhyydessä 1801. Säveltäjänä hänet tunnetaan erityisesti kuudesta cembalolle säveltämästään sonaatista.