Ensimmäisen maailmancupvoiton Karen Putzer otti 19.12.1999 St. Moritzin supersuurpujottelukilpailussa, jossa toiseksi sijoittui italialainen Alessandra Merlin ja kolmanneksi ranskalainenRégine Cavagnoud. Putzerin tähän saakka paras kausi on ollut kausi 2002 - 2003, jonka aikana hän voitti viisi maailmancupin kilpailua. Saman kauden yhteispisteissä Putzer tuli toiseksi KroatianJanica Kostelicin jälkeen. Noiden vuosien jälkeen Putzeria ovat vaivanneet lukuisat loukkaantumiset ja fyysiset ongelmat, eikä menestys ole ollut yhtä hyvää.