Kymotrypsiini on yksi haiman erittämistä ruoansulatusentsyymeistä, ja sen tehtävä on pilkkoa ravinnon valkuaisaineita lyhyemmiksi aminohappoketjuiksi. Kymotrypsiini erittyy haimasta inaktiivisena kymotrypsinogeenina. Näin varmistetaan, ettei se hajota elimistön omia proteiineja ennen kuljetusta ohutsuoleen, joka on sen varsinainen vaikutuspaikka. Kymotrypsinogeenin muuttaa aktiiviseen muotoon haiman erittämä trypsiini, joka sekin kuuluu valkuaisaineita pilkkoviin ruuansulatusentsyymeihin.
Kymotrypsiinin entsyyminumero on EC 3.4.21.1 ja CAS-numero 9004-07-3.
Kymotrypsiiniä koodaavan geenin ensimmäinen synteesituote on kymotrypsinogeeni. Se on kymotrypsiinin ei-aktiivinen muoto, ja se on 245 aminohapon yksiketjuinen polypeptidi. Siinä on viisi rikkisiltaa, jotka muodostuvat kymmenen kysteiini-aminohapon välille. Kymotrypsinogeeni muuttuu -kymotrypsiiniksi ja lopulta -kymotrypsiiniksi. Tällöin aminohapot 14–15 ja 147–148 poistetaan sekä trypsiinin että polypeptidiketjun itsensä katalysoimana[1]. Aktiivinen kymotrypsiini koostuu siis kolmesta erillisestä polypeptidiketjusta, ja rakenteen pitää yhtenäisenä viisi rikkisiltaa. Kymotrypsiinin aktiivinen kohta on asparagiinihappo numero 102, histidiini 57 ja seriini 195, joista erityisesti histidiini ja seriini ovat tärkeitä katalyysin kannalta[2].