Maria João Pires (s. 23. heinäkuuta 1944, Lissabon) on portugalilainen pianisti.
Pires aloitti pianonsoiton itsenäisesti. Vuosina 1953–1960 hän opiskeli pianonsoittoa Lissabonin konservatoriossa Campos Coelhon johdolla. Hän opiskeli myös sävellystä sekä musiikin teoriaa ja historiaa. Pires jatkoi opintojaan vielä Saksassa. Vuonna 1970 Pires voitti ensimmäisen palkinnon Brysselissä järjestetyssä pianokilpailussa. Hän esiintyi ensimmäistä kertaa Lontoossa vuonna 1986 ja New Yorkissa vuonna 1989. Pires on levyttänyt muun muassa kaikki Wolfgang Amadeus Mozartin pianosonaatit.