Markus Katzer (s. 11. joulukuuta 1979 Wien) on itävaltalainen jalkapalloilija, pelipaikaltaan puolustaja. Hän pelaa tällä hetkellä SK Rapid Wien -seuran kokoonpanossa.
Katzer aloitti ammattilaisena vuonna 2000 VfB Admira Wacker Mödlingin joukkueessa, jossa hän pelasi neljä vuotta ennen nykyiseen seuraansa siirtymistä. Hän on voittanut nykyseurassaan Rapidissä maansa liigamestaruuden kahdesti: vuosina 2005 ja 2008. Vuonna 2005 hän oli lisäksi cup-finaalissa, jossa joukkue taipui kuitenkin Austria Wienille 3-1.
Katzer debytoi maajoukkueessa vuonna 2003. Hänet on valittu Itävallan kokoonpanoon EM-kotikisoihin 2008. Hän on pelannut tähän mennessä 11 ottelua, mutta maaleja ei ole syntynyt.
1 Manninger | 2 Standfest | 3 Stranzl | 4 Pogatetz | 5 Fuchs | 6 Aufhauser | 7 Vastić | 8 Leitgeb | 9 Linz | 10 Ivanschitz | 11 Korkmaz | 12 Gercaliu | 13 Katzer | 14 Garics | 15 Prödl | 16 Patocka | 17 Hiden | 18 Kienast | 19 Säumel | 20 Harnik | 21 Macho | 22 Hoffer | 23 Özcan | Valmentaja Hickersberger