Hesse katsoi, päinvastoin kuin Pierre Duhem, että mallit ja analogiat ovat oleellisia tieteellisen käytännön ja erityisesti tieteellisen edistyksen ymmärtämisessä, erityisesti liittyen siihen, kuinka jonkun tieteellisen teorian alue laajenee ja kuinka teoriat tuottavat uusia ennusteita. Esimerkkejä tällaisista malleista ovat dynaamisten systeemienbiljardipallomalli sekä valoa kuvaavat mallit, jotka perustuvat analogioihin äänestä tai vedessä etenevistä aalloista.