Morten Thrane Brünnich (30. syyskuuta 1737 Kööpenhamina – 19. syyskuuta 1827 Kööpenhamina) oli tanskalainen eläintieteilijä ja mineralogi.[1]
Brünnichin isä oli kööpenhaminalainen muotokuvamaalari. Morten Brünnich opiskeli itämaisia kieliä ja teologiaa, mutta kiinnostui pian luonnonhistoriasta. Hän luovutti hyönteishavaintonsa Erik Pontoppidanin aloittamalle teokselle Danske Atlas. 1763 hän julkaisi lintukirjan Ornithologia Borealis, jossa hän esittelee lukuisia skandinaavisia lintulajeja, jotkut niistä ensi kertaa. Pohjankiislan englanninkielinen nimi Brünnich's Guillemot on nimetty hänen mukaansa. Hän myös kuvaili tieteelle uusia lintulajeja, muun muassa amerikanjääkuikan, jänkäkurpan ja isokihun. Hyönteisiä ja kaloja Brünnich kuvaili lukuisia.
Brünnich oli kirjeenvaihdossa lukuisien aikansa luonnontieteilijöiden kanssa, kuten Linnén, Pallasin ja Thomas Pennantin. 1764 hän julkaisi teoksen Entomologia., jonka jälkeen hän lähti pitkälle Euroopan kiertueelle. Hän tutki kaloja Välimerellä ja julkaisi teoksen Ichthyologia Massiliensis 1768.
Palattuaan matkaltaan hän otti vastaan luonnonhistorian ja -talouden lehtorin viran Kööpenhaminan yliopistossa. Tänne hän perusti luonnonhistoriallisen museon ja kirjoitti oppikirjan Zoologiae fundamenta.
Brünnichin tyttärenpoika oli mineralogi Morten Thrane Esmark.[2][3]