Puerto Villamil on pieni satamakylä Galápagossaariin kuuluvalla Isabelan saarella. Vuoden 2010 laskennassa sen väkiluku oli noin 2 000.[1]
Kalastus on ollut perinteinen elinkeino, mutta matkailun merkitys on kasvamassa.[2]
Kylän perusti kenraali José de Villamil vuonna 1832.[3]