San Agustín on kylä Etelä-Kolumbiassa, Huilan departementissa. Alejo Astudillo perusti alkuperäisen kylän vuonna 1752. Intiaanien hyökkäykset kuitenkin tuhosivat tämän kylän ja nykyisen asutuskeskuksen perusti Lucas de Herazo y Mendigaña vuonna 1790.
Alue tunnetaan esikolumbiaanisen ajan arkeologisista kohteistaan, jotka tuovat voittoa kylän taloudelle, sillä alueella vierailee huomattavasti sekä kolumbialaisia että ulkomaalaisia matkailijoita. San Agustínin arkeologinen puisto on osa UNESCOn maailmanperintöluetteloa.