Skvaleenisyntaasi eli farnesyylidifosfaattifarnesyylitransferaasi on entsyymi, joka katalysoi skvaleenin biosynteesiä kahdesta farnesyylipyrofosfaattimolekyylistä. Entsyymillä on tärkeä rooli sterolien, kuten kolesterolin biosynteesissä. Ihmisellä skvaleenisyntaasin tuotantoa säätelee FDFT1-geeni, joka sijaitsee kromosomissa 8p23.1-p22. Geeniä tavataan kaikissa ihmisen kudoksissa, mutta erityisen aktiivinen se on maksassa ja hypotalamuksessa.[1][2]
Skvaleenisyntaasi tarvitsee toimiakseen koentsyymikseen NADPH-molekyylin ja magnesiumioneita. Kahden farnesyylipyrofosfaattimolekyylin kondensoituminen skvaleeniksi tapahtuu kahdessa vaiheessa. Ensimmäisessä vaiheessa muodostuu karbokationien kautta syklopropaanirenkaan sisältävä välituote, preskvaleenidifosfaatti. Seuraavassa vaiheessa tästä irtoaa pyrofosfaatti-ioni ja muodostuu karbokationi, jonka hiilirunko järjestäytyy uudelleen, jolloin muodostuu allyylinen karbokationi. Viimeisessä vaiheessa tämä karbokationi pelkistetään NADPH:n avulla skvaleeniksi.[3][4]
Skvaleenisyntaasi toimii entsyymistä riippuen parhaiten, kun lämpötila on 25–60 °C ja pH on 5,2–7,6. Entsyymin inhibiittoreista useat ovat rakenteeltaan hyvin lähellä farnesyylipyrofosfaattia tai preskvaleenidifosfaattia. Muita entsyymin toimintaa haittaavia yhdisteitä ovat muun muassa klorogeenihappo ja deoksikoolihappo.[5][2]
Skvaleenisyntaasin inhibiittoreiden käyttöä mahdollisina veren kolesterolipitoisuutta vähentävinä lääkkeinä tutkitaan.[6] Tehokkaimmaksi on osoittautunut lapakistaatti eli TAK-475[2][7]
Hiirillä skvaleenisyntaasientsyymin puute aiheuttaa kohdun kehittymisen heikkenemistä, alkioiden kuolemia ja hermostoputkien toiminnan vaurioita.[1][2]