Stéphane Courtois (s. 25. marraskuuta 1947) on ranskalainen historioitsija.
Courtois toimii vanhempana tutkijana Centre National de la Recherche Scientifiquessa (CNRS), Université Paris-Nanterressa. Hän on myös aikakauslehti Communismen päätoimittaja.
Courtois on kommunismin kriitikko ja entinen maoisti[1], joka tuli maailmanlaajuisesti tunnetuksi Kommunismin mustan kirjan päätoimittajana. Kirjaa myytiin miljoonia kappaleita useilla eri kielillä.