Yhdistelmä-DNA on keinotekoinen DNA-molekyyli, joka on tehty yhdistämällä eri yksilöiden tai lajien DNA:ta.
Yhdistettävät DNA:t on ensin katkottava tiettyjen pilkkoja- eli restriktioentsyymien avulla. DNA-pätkän on sisällettävä geeni tai geenejä, joten katkomisessa on käytettävä entsyymejä, joiden katkomat pätkät ovat riittävän pitkiä. Yleisin käytettävä restriktioentsyymi on Escherichia coli -bakteerista saatava EcoR1, joka katkaisee DNA-juosteet kuuden emäksen ollessa GAATTC. Näin muodostuu keskimäärin parituhatta nukleotidia käsittäviä pätkiä, joiden päihin jää viisi paritonta emästä.
Kun yhdistettävät DNA:t on pätkitty, ne liitetään toisiinsa liittäjä- eli ligaasientsyymeillä. Ligaasientsyymien toiminta on restriktioentsyymeihin verrattuna käänteinen – ne liittävät DNA-pätkiä, jotka päättyvät tietyllä tavalla (esimerkiksi GAATTC).
Yhdistelmä-DNA-tekniikka mahdollistaa esimerkiksi joidenkin ihmisen proteiinien, kuten insuliinin, tuottamisen bakteerien avulla. Bakteeri saadaan tuottamaan ihmisen proteiineja, kun proteiinin käsittävä osa ihmisen DNA:ta yhdistetään bakteerin plasmidiin. Menetelmä on usein tehokas, sillä bakteerit lisääntyvät nopeasti ja niitä on helppo viljellä.