Bien que sans doctorat, il est chercheur associé à l’Institut de recherche interdisciplinaire sur les enjeux sociaux (sciences sociales, politique, santé), unité mixte de recherche associant le CNRS, l’Inserm, l’EHESS et l’Université Sorbonne-Paris-Nord[12],[10]. Il travaille sur la politisation des questions sexuelles et raciales, en France et aux États-Unis[10].
Il publie également de nombreuses tribunes, souvent polémiques, dans Le Monde ou Libération.
Décrit comme l'un des « principaux observateurs des débats français »[2] autour des questions de sexualité et notamment d'homosexualité selon Sciences Humaines[14], Éric Fassin s'est intéressé à l'homophobie et aux discours médiatiques sur l'homosexualité dans l'ouvrage L’Inversion de la question homosexuelle.
En tant que sociologue, il regrette que l'usage du concept de racisme d'État soit perçu en France comme étant de la « diffamation » contre l'État et qu'il tende à être tabou :
« Interdire à des gens d'utiliser le vocabulaire qui leur permet de rendre compte d'une expérience manifestement discriminatoire qui implique l’Etat, et pour lequel l’Etat a d'ailleurs été condamné par la justice, ça me parait un abus de pouvoir extrêmement dangereux[15]. »
Selon les journalistes à La Croix Pascal Charrier et Bernard Gorce, Éric Fassin, aux côtés de Geoffroy de Lagasnerie, de l’écrivain Édouard Louis et de Maboula Soumahoro, forme un groupe d'intellectuels d’extrême gauche. La chercheuse Myriam Cottias argue qu'il s'agit d'une idéologie qui «mérite une discussion critique», et qu'il est inexact de parler d'influence américaine, plutôt de «circulation des idées, dans les deux sens»[7].
Éric Fassin est favorable à l'accueil des migrants en France, soutient l'antiracisme politique et considère que la laïcité est utilisée comme un outil islamophobe[16]. Il milite en faveur de l'organisation d'espaces non-mixtes réservés aux femmes et aux personnes non-blanches[17]. Il milite également en faveur de l'intersectionnalité[18].
En 2017, il signe une tribune, « Contre la pénalisation du harcèlement de rue », afin de ne pas faire de la rue la cible renouvelée des politiques publiques, visant les populations qui l’occupent, lesquelles appartiennent souvent aux fractions paupérisées et dites « racisées »[19],[20],[21].
En 2018, il signe une tribune dans laquelle il s'insurge de la présence d'Alain de Benoist et de Florian Philippot à un évènement organisé par la Fondation Feltrinelli[22].
En 2021, le sociologue appelle publiquement à combattre les discours d’extrême droite dans l’espace public[23],[24], après son apparition dans la vidéo controversée du lancement officiel de la campagne présidentielle d'Éric Zemmour.
Daniel Borrillo, Éric Fassin et Marcela Iacub (dir.), Au-delà du PACS : L’expertise familiale à l’épreuve de l’homosexualité, Paris, PUF, coll. « Politique d’aujourd’hui », , 2e éd. (1re éd. 1999) (ISBN978-2-13-051990-4)
Liberté, égalité, sexualités : actualité politique des questions sexuelles, avec Clarisse Fabre, Paris, Belfond/Le Monde, 2003 ; réédition augmentée, coll. « 10/18 »,
L’Inversion de la question homosexuelle, Paris, Amsterdam, 2005
De la question sociale à la question raciale ? Représenter la société française, avec et sous la direction de Didier Fassin, Paris, La Découverte, 2006
Discriminations : pratiques, savoirs, politiques, direction avec Jean-Louis Halpérin, Paris, La Documentation Française, 2008
Le Sexe politique. Genre et sexualité au miroir transatlantique, Paris, éd. EHESS, 2009
↑Sylvain Boulouque, La gauche radicale : liens, lieux et luttes (2012-2017), Fondation pour l’innovation politique, , 60 p., p. 21;35.
↑ a et b« En France, l’influence américaine des nouveaux antiracistes », La Croix, (ISSN0242-6056, lire en ligne, consulté le ).
↑« A propos d’un racisme inversé », sur Le Soir Plus, (consulté le ) : « Il s'est même trouvé un sociologue d'extrême gauche, Eric Fassin, pour lancer une pétition en faveur “du droit à la non-mixité” ».