Le club est fondé en 1961 sous le nom de RK Grafichar, ce qui en fait le club de handball féminin le plus ancien en Macédoine[2]. Jusqu'à la disparition officielle en 2011 du RK Kometal Gjorče Petrov Skopje, le Vardar était le seul autre club à avoir remporté un titre dans l'une des compétitions en Macédoine, la Coupe de Macédoine en 1994.
À compter de la saison 2012/2013, l'arrivée d'un nouveau sponsor et du directeur sportif, le milliardaire russe Sergueï Samsonenko également propriétaire du club masculin du Vardar, a permis à de nouvelles joueuses internationales d'arriver[2]. Dès lors, l'équipe a commencé à obtenir des résultats plus positifs et a remporté son premier titre de champion de Macédoine en 2013 et ambitionne de jouer les premiers rôles dans la Ligue des champions 2013-2014.
Dans ce but, elle doit tout d'abord franchir un tournoi préliminaire qu'elle remporte, battant en finale le CJF Fleury Loiret Handball 33 à 25. Dès lors, pour la première fois dans l'histoire du handball européen, trois clubs d'une même ville, Skopje (700 000 habitants), sont qualifiés pour la Ligue des champions : le ŽRK Vardar, donc, chez les femmes, le RK Vardar et le RK Metalurg chez les hommes[3].
Après trois 3e place en 2014, 2015 et 2016, le club atteint la finale en 2017 et 2018 mais est battu les deux fois après prolongation par le club hongrois du Győri ETO KC.
En 2018, le club décide de libérer toutes ses joueuses sous contrat à l'intersaison pour laisser la place aux jeunes formées au club[4]. Il renonce également à participer à la Ligue des champions 2018-2019.