Formée à Kiel le en tant que flottille de combat (Frontflottille), et placée sous le commandement du KapitänleutnantHans-Rudolf Rösing, elle a été baptisée Unterseebootsflottille Emsmann en l'honneur du KapitänleutnantHans Joachim Emsmann, un commandant d'U-Boot de la Première Guerre mondiale. Elle conserve cette appellation jusqu'en date à laquelle la flottille est dissoute et ses navires réaffectués à la 1. Unterseebootsflottille.
Pendant sa courte période d'activité (une année), la flottille composée de 6 unités coule 12 navires ennemis pour un total de 14 818 tonneaux.
En , la flottille est affectée l'entrainement (Ausbildungsflottille) sous le nom de 5. Unterseebootsflottille, en gardant son port d'attache de Kiel, sous le commandement du KapitänleutnantKarl-Heinz Moehle(en). 336 U-Boote seront formés par cette flottille et deviendront opérationnels. Celle-ci est dissoute en mai 1945.
Chris Bishop, historien militaire (trad. de l'anglais par Christian Muguet), Les sous-marins de la Kriegsmarine : 1939-1945 : le guide d'identification des sous-marins [« The spellmount submarine identification guide : Kriegsmarine U-boats 1939-1945 »], Paris, Éd. de Lodi, , 192 p. (ISBN978-2-84690-327-1, OCLC470721805, BNF41298980)