Le Karine A est un cargo de 4 000 tonnes intercepté par l'armée israélienne le .
La mission d'interception commence le à 4 h 45 dans la mer Rouge, à presque 500 kilomètres des côtes israéliennes. Des commandos de la marine israélienne, soutenus par des hélicoptères et des avions de combat, surprennent l'équipage et s'emparent du vaisseau sans tirer une balle. Le cargo est ramené à Eilat dans la nuit du .
Le général Shaul Mofaz annonce le lors d'une conférence à Tel Aviv que l'armée a saisi le bateau, au moment où le médiateur américain Anthony Zinni rencontre Yasser Arafat afin d'encourager de nouvelles négociations de paix entre Israël et l'Autorité palestinienne.
Les premiers rapports israéliens indiquent que le bateau transportait des armes en grande quantité (environ 50 tonnes, d'une valeur estimée de 15 millions de dollars) et d'une grande variété (roquettes Katioucha, mortiers, fusils et munitions, mines et missiles antichars), ainsi que plus de 2,5 tonnes d'explosifs. D'après le témoignage de Yedidya Yaari, commandant de la marine israélienne, la cargaison était disposée dans des caisses en plastique imperméable et disposant de flotteurs pour permettre une livraison par la mer.
Le capitaine du navire est Omar Akawi, un membre du Fatah depuis 1976 et un ancien membre de l'Autorité palestinienne qui a quitté l'organisation deux ans plus tôt pour protester contre sa direction. Le propriétaire du bateau serait, d'après le rapport israélien, Adel Salameh (dit « Moghrabi » parce qu'il est porteur d'un passeport marocain) qui était aussi un proche de Yasser Arafat jusque dans les années 1980.
Les Israéliens tentent de retracer l'itinéraire du cargo Karine A : d'après les premières enquêtes, le bateau aurait été acheté au Liban par Adel Moghrabi puis expédié au Soudan pour y être chargé (un premier rapport, qui mentionne l'achat du bateau en Bulgarie, est ainsi corrigé). C'est en que le navire serait arrivé en Iran, dans le petit port de Qeshm, pour y charger 80 grandes caisses d'armement. Le rapport fait mention de la participation de membres du Hezbollah dans la fourniture de ces armes, et la formation d'un plongeur pour fixer des flotteurs sur les caisses. Le navire serait retourné au Yémen à cause d'un problème technique.
Yasser Arafat, alors président de l'Autorité palestinienne, déclare immédiatement qu'il n'a rien à voir avec cette affaire et affirme être victime d'un complot israélien. Il fait envoyer à George W. Bush, président des États-Unis, une missive dans laquelle il relate ses accusations contre l'État hébreu. Bush prend cependant cette tentative d'Arafat comme un mensonge. Le président de l'Autorité palestinienne est alors discrédité aux yeux de la Maison-Blanche, qui n'y voit plus un partenaire viable pour construire une paix future.
Plusieurs points de l'enquête israélienne et de ses conclusions ont été critiqués.
L'affaire du Karine A est au cœur du roman de la série SAS n° 147 : La Manip du Karin A de Gérard de Villiers. Le roman présente l'affaire comme étant montée de toutes pièces par les services secrets israéliens pour discréditer Yasser Arafat, et raconte l'élucidation de cette prétendue manipulation par la CIA.