Initié à l'égyptologie par Victor Loret vers 1889, Alexandre Moret arrive en Égypte appelé par le Service des Antiquités pour établir le catalogue des Sarcophages de l'époque bubastite à l'époque saïte.
Coup d'œil sur l'Égypte primitive, Leçon d'ouverture du cours d'égyptologie professé à la Faculté des lettres, Paris, Imprimerie de A.-H. Storck, 1898.
Du caractère religieux de la royauté pharaonique, (réimpr. Slatkine, 2007) (ISBN978-2-05-102039-8).
Le rituel du culte divin journalier en Égypte : D'après les papyrus de Berlin et les textes du temple de Séti Ier, à Abydos, Genève, E. Leroux, coll. « Annales du Musée Guimet. Bibliothèque d'études » (réimpr. Slatkine, 2007) (1re éd. 1902) (ISBN978-2-05-102033-6, BNF41487365).
Avec P.-D.Chantepie de La Saussaye, Charles Fossey, Robert Gauthiot, Henri Hubert, P.Bettelheim, P.Bruet, Isidore Lévy et L. Lazard, Manuel d'histoire des religions, A. Colin, 1904.
L'immortalité de l'âme et la sanction morale dans l'Égypte ancienne, E. Leroux, 1908.
Sarcophages de l'époque bubastite à l'époque saïte, Le Caire, IFAO, 1912.
Chartes d'immunité dans l'ancien empire égyptien, Première partie, Imprimerie Nationale, 1912.
Mystères égyptiens, 1913.
« Monuments égyptiens de la collection du Comte de Saint-Ferriol (autrefois au château d’Uriage, actuellement au musée de Grenoble) », Revue égyptologique, nouvelle série, tome 1, 1919, p. 1-27 et p. 163-184, avec 5 pl.
Fragments du mastaba de Shery, prêtre des rois Péribsen et Send, E. Leroux, 1922.
Avec Georges Davy, Des Clans aux empires : l'organisation sociale chez les primitifs et dans l'Orient ancien, Éditions Renaissance du livre, .
Jean-Michel Bruffaerts, « Destins égyptologiques croisés : Alexandre Moret et Jean Capart », dans : Marie-Cécile Bruwier, Livres et archives de l’égyptologue Alexandre Moret (1868-1938) à Mariemont. Catalogue de l’exposition organisée au Musée royal de Mariemont du au , Morlanwelz : Musée royal de Mariemont, 2000, p. 11-17, ill.