Après avoir étudié à Alcalá et Salamanque, il devient lui-même professeur de théologie au couvent de Salamanque (1512). En 1530, il accompagna Charles Quint à son couronnement à Bologne. Entre 1532-35, il prêcha dans les Pays-Bas espagnols, en Allemagne et en France. Il fut ensuite théologien du cardinal Pedro Pacheco de Villena (1545-1547) et de l'empereur (1551-1552) et participa à ce titre au Concile de Trente. En 1553, il devient prédicateur royal de Philippe II, qu'il accompagna en Angleterre en 1554. Il passa le reste de sa vie dans les Flandres, et il mourut juste après sa nomination d'évêque de Saint-Jacques-de-Compostelle. On lui doit une grande somme contre les hérésies, Adversus omnes hæreses (Paris 1534 et de nombreuses rééditions), De iusta hæreticorum punitione (Salamanque 1547) et un traité de droit pénal, De potestate legis pœnalis (Salamanque, 1550).
Daniela Müller, « Ketzerei und Ketzerbestrafung im Werk des Alfonso de Castro », dans Frank Grunert & Kurt Seelmann, Die Ordnung der Praxis. Neue Studien zur spanischen Spätscholastik, Tübingen, , p. 333-348 ;
Vincenzo Lavenia, « Fraus et cautela. Théologie morale et fiscalité au début des Temps Modernes », dans Serge Boarini, La casuistique classique : genèse, formes, devenir, Saint-Etienne, Publications de l’Université de Saint-Etienne, , p. 43-57 (49-50) ;
Manuel de Castro, « Fr. Alfonso de Castro, O.F.M.Obs. (1495-1558). Notas bibliográficas », Collectanea Franciscana, vol. 28, , p. 59-88 ;
Manuel de Castro, « Fr. Alfonso de Castro, O.F.M.Obs. (1495-1558), consejero de Carlos V y de Felipe II », Salmanticensis, vol. 6, , p. 281-322.