Après des études doctorales à l'Université Columbia (New York, NY) et à l'Université Yale (New Haven, CT), il a consacré plusieurs ouvrages à la politique américaine dans le Sud-Est asiatique, hanté par les causes et les conséquences de la guerre du Viêt Nam.
Il a travaillé tout particulièrement sur le rôle du trafic de l'héroïne dans les politiques françaises et américaines en Thaïlande, au Viêt Nam et au Laos.
Professeur d’histoire à l’Université de Wisconsin-Madison. Auteur régulier pour TomDispatch, il préside également le projet Empires in transition, un groupe de travail mondial de 140 historiens, provenant d’universités issues de quatre continents.
The politics of heroin in southeast Asia, by Alfred W. McCoy. The Washington Monthly Company, 1972. (ISBN0-06-131942-2)
Closer Than Brothers: Manhood at the Philippine Military Academy, by Alfred W. McCoy. Yale University Press, 1999, 448 p., (ISBN0-300-07765-3).
A Question of Torture: CIA Interrogation, From the Cold War to the War on Terror, by Alfred W. McCoy. Holt paperbacks, 2006, 310 p., (ISBN0-8050-8248-4).
Policing America's empire the United States, the Philippines, and the rise of the surveillance state, by Alfred W. McCoy. University of Wisconsin Press, 2009, 672 p., (ISBN0-299-23414-2).
An Anarchy Of Families (state and family in the Philippines), 1998, (ISBN971-550-128-1).
Closer Than Brothers: Manhood at the Philippine Military Academy, 1999, (ISBN0-300-07765-3).
Alfred W. McCoy, "Requiem for a Drug Lord: State and Commodity in the Career of Khun Sa", in, Josiah McC. Heyman, ed., States and Illegal Practices (Oxford: Berg, 1999), p. 129–67.
Alfred W. McCoy, "Mission Myopia: Narcotics as 'Fall Out' from the CIA's Covert Wars", in, Craig R. Eisendrath, ed., National Insecurity: U.S. Intelligence After the Cold War (Philadelphia: Temple University Press, 2000), p. 118–48.
Alfred W. McCoy, "The Stimulus of Prohibition: A Critical History of the Global Narcotics Trade", in, Michael K. Steinberg, Joseph J. Hobbs, and Kent Mathewson., eds., Dangerous Harvest: Drug Plants and the Transformation of Indigenous Landscapes (New York: Oxford University Press, 2004), p. 24–111.