Le cladogramme ci-dessous, établi en 2016 par Tennant et ses collègues, montre la composition du petit clade des Atoposauridae et la position des espèces du genre Atoposaurus[4] :
↑ a et bH. von Meyer. 1851. Description de l’Atoposaurus jourdani et du Sapheosaurus thiollierei, reptiles fossiles des calcaires lithographiques du Bugey. In M. V. Thiolliere (ed.), Seconde notice sur le gisement et sur les corps organisés fossiles des calcaires lithographiques dans le Jura du département de l'Ain 5-19
↑P. Gervais. 1871. Remarques au sujet des reptiles provenant des calcaires lithographiques de Cerin, dans le Bugey, qui sont conservés au Musée de Lyon [Remarks on the subject of the reptiles from the lithographic limestones of Cerin, in the Bugey, that are conserved in the Musée de Lyon]. Description des Poissons Fossiles Provenant des Gisements Coralliens du Jura dans le Bugey, par Feu Victor Thiollière. Deuxième Partie Revue et Annotée par M. Paul Gervais. Annales de la Société d'Agriculture, Histoire Naturelle et Arts Utiles de Lyon, 4e série 5:79-85
↑(en) Angela D Buscalioni et José Luis Sanz, « Phylogenetic relationships of the Atoposauridae (Archosauria, Crocodylomorpha) », Historical Biology, vol. 1, no 3, , p. 233–250 (DOI10.1080/08912968809386477)
↑ abcd et e(en) Jonathan P. Tennant, Philip D. Mannion et Paul Upchurch, « Evolutionary relationships and systematics of Atoposauridae (Crocodylomorpha: Neosuchia): implications for the rise of Eusuchia », Zoological Journal of the Linnean Society, vol. 177, no 4, , p. 854–936 (DOI10.1111/zoj.12400)
↑(de) H. v. Meyer. 1839. Zu meiner nun vor fast zehn Jahren gemachten und unausgesetzt verfolgten Entdeckung... Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geognosie, Geologie und Petrfaktenkunde 1839:76-79
↑(en) Lordansky, N.N. ( 1973), The skull of the Crocodilia In Biology of the Reptilia, edited by Gans, C and Parsons, T.S. , pp 201-262 Academic Press, London and New York