Après un emploi de cordonnier dans la boutique de son père, Auguste Honoré Longnon se lance en autodidacte dans une formation, et suit les cours de l'École des Hautes Études[1]. En 1871, il devient archiviste, avec le titre de sous-chef de section aux Archives nationales (où il alors est l'un des rares non chartiste)[1]. Parallèlement, il effectue et publie des recherches historiques portant particulièrement sur la Gaule romaine, mais aussi sur la topographie et la toponymie, dont il est un des pionniers. En 1889, il devient professeur au Collège de France, puis directeur d'étude à l'École pratique des hautes études avant d'être élu membre de l'Académie des inscriptions et belles-lettres, le .
Auguste Longnon a découvert en 1873 aux Archives Nationales de précieux documents sur la vie du poète François Villon (dossier relatif au vol du Collège de Navarre et récit de l’interrogatoire de Guy Tabarie). Il est l'auteur d'une biographie du poète et de la première édition moderne de ses œuvres (chez Lemerre en 1892 puis dans la collection des Classiques Français du Moyen Age chez l’éditeur Champion en 1911, travail qui sera complété par le romaniste Lucien Foulet en 1914, 1923 et 1933). Cette biographie est fondée sur un examen méthodique de l'édition princeps de 1489 par Pierre Levet , avec un certain nombre de corrections tirées des manuscrits conservés.
Réédition : Auguste Longnon, Les noms de lieu de la France: leur origine, leur signification, leurs transformations : résumé des conférences de toponomastique générale faites à l’École pratique des hautes études, section des sciences historiques et philologiques, publié par Paul Marichal et Léon Mirot, préface de Jacques Chaurand, Paris, Éditions Honoré Champion, 1999, XV pages + 831 pages (Reproduction de l’édition de Paris, 1929) (ISBN2-7453-0046-6)
Le diocèse de Coutances : Pouillés de la province de Rouen, Paris, Imprimerie nationale, 1903
La formation de l'unité française, leçons professées au Collège de France en 1889-1890, publiées par H.-François Delaborde, Picard, 1922
Origines et formation de la nationalité française, Nouvelle Librairie Nationale, 1912
Rôles des fiefs du comté de Champagne sous le règne de Thibaud le Chansonnier, 1249-1252. Paris: H. Menu,, 1877.
Sur François Villon
François Villon et ses légataires, Paris, Lemerre, 1873
Étude biographique sur François Villon, d'après les documents inédits conservés aux Archives nationales, Paris, Henri Menu, 1877
Œuvres complètes de François Villon, Paris, Lemerre, 1892
Œuvres de François Villon, publiées avec une introduction, Paris, Champion, 1911
↑(fr) Séance du 5 mars 1886, Comptes rendus des séances de l'Académie des Inscriptions et Belles-Lettres, vol. XXX (1886), no 1 (janvier-février-mars 1886), pp. 18-19 (consulté le 9 mars 2014)