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Dès l'âge de 12 ans, en 1997, le jeune Benito est assis aux côtés de son père, Benito Guerra Sr., pour terminer second de la catégorie 8 cylindres du Rallye Clásico Morelos, en série Vintage. Jusqu'à la fin de l'année 2007, son père et sa sœur copilote continueront d'ailleurs à participer ponctuellement au championnat mexicain.
Après avoir commencé ses propres courses de pilote de rallyes en 2004, au Rallye Cañadas régional mexicain (catégorie A7), Guerra Jr. passe dès la même année au cadre du championnat national, alors qu'il est pilote d'essais officiel du circuit Pegaso.
Il devient ensuite instructeur de la Pirelli Driving School en 2005 et 2006.
Ce pilote commence également une activité en WRC en 2006 avec le TP Motorsport Team, durant une saison sur Mitsubishi Lancer Evo VIII ... qui deviennent des versions IX et X personnelles peu après (le team Guerra Jr. de fait étant fondé dès 2007). Il se concentre sur le P-WRC en 2010, et remporte le titre mondial en 2012, sur Mitsubishi Lancer Evo X, avec Borja Rozada pour navigateur.
Ses copilotes ont été Javier Lozano, Marcelo Brizio, Gabriel Suarez, Daniel Cué, et enfin B.Rozada lors du titre planétaire.