La bactérie comprend deux chromosomes, l'un de 4.07 mégabases et l'autre de 3.17 mégabases[2]. 14 % de ses gènes sont variables d'une souche à l'autre[3]. Le taux de mutation est rapide et important, à tel point que plusieurs génotypes peuvent être retrouvés lors d'une seule infection sur la même personne[4].
↑(en) Eiko Yabuuchi, Yoshimasa Kosako, Hiroshi Oyaizu et Ikuya Yano, « Proposal of Burkholderia gen. nov. and Transfer of Seven Species of the Genus Pseudomonas Homology Group II to the New Genus, with the Type Species Burkholderia cepacia (Palleroni and Holmes 1981) comb. nov. », Microbiology and Immunology, vol. 36, no 12, , p. 1251–1275 (DOI10.1111/j.1348-0421.1992.tb02129.x, lire en ligne [PDF], consulté le )