Il fut directeur du journal la Revue mycologique[2] dont le numéro 1 est daté du . C'est la première revue au monde exclusivement consacrée aux champignons. Roumeguère en assure la parution trimestrielle pendant treize ans, jusqu'à son décès en 1892.
Ses collections de champignons sont réparties dans plusieurs herbiers, parmi lesquels Fungi Gallici exsiccati, Fungi exsiccati praecipue Gallici[3] et Fungi selecti exsiccati[4]. Ses collections d'algues sont incluses dans la collection Algues de France[5].
Des Lichens, et en particulier des Lichens des environs de Toulouse, pouvant être utilisés dans l'économie domestique, la médecine et les arts industriels, (OCLC1040869767, lire en ligne)
Cryptogamie illustrée: ou histoire des familles naturelles des plantes acotylédones d'Europe ; coordonnée suivant les dernières classifications et complétée par les recherches scientifiques les plus récentes, J.-B. Baillère, (OCLC6339614, lire en ligne)
Nouveaux documents sur l'histoire des plantes cryptogames et phanérogames des Pyrénées, J.B. Baillière, (OCLC610412044, lire en ligne)
Statistique botanique du département de la Haute-Garonne, J.-B. Baillère [i.e. Baillière, (OCLC11461763, lire en ligne)
Flore mycologique du département de Tarn-et-Garonne. Agaricinées: étude qui a obtenu la médaille d'or de 400 fr. au Concours de 1877, Forestié, (OCLC6643231, lire en ligne)
Berlese, A.N.; Saccardo, F.; Roumeguère, C. 1889. Contributiones ad floram mycologicam lusitaniae. II. Fungi lusitanici a cl. Moller lecti. Revue Mycologique Toulouse 11: 117-12
Debeaux, O.; Trabut, A.; Therry, J.; Telesphore; Roumeguère, C. 1880. Bouquet de champignons nouveaux observés dans le Midi de la France et en Algérie (1879-1880). Revue Mycologique Toulouse 2: 187-191
Karsten, P.A.; Fautrey, F.; Roumeguère, C. 1890. Fungi novi vele minus bene cogniti. Revue Mycologique Toulouse 12: inc. 127
Karsten, P.A.; Roumeguère, C. 1890. Champignons nouveaux du Tonkin. II. Revue Mycologique Toulouse 12: 75-79