Le cinquième niveau du championnat oppose cent-douze clubs français répartis en huit groupes de quatorze clubs, en une série de vingt-six rencontres jouées durant la saison de football.
Les premières places de chaque groupe ainsi que quatre meilleures deuxièmes, permettent de monter en CFA lors de la saison suivante alors qu'à la suite de la réforme territoriale, les équipes reléguées dépendent en partie de leur classement mais également de leur appartenance à telle ou telle région.
Ces tableaux présentent les cent-douze équipes qualifiées pour disputer le championnat 2016-2017. On y trouve le nom des clubs, leur ancienneté en CFA 2, leur classement de la saison précédente, le nom des stades ainsi que la capacité de ces derniers.
Le championnat comprend huit groupes de quatorze équipes.
Le président du Luçon VF annonce le dépôt de bilan du club le 8 juin 2016, provoquant la rétrogradation du club vendéen en Division d'Honneur et par la même occasion le sauvetage en National des Herbiers VF, en CFA du Rodez AF et en CFA 2 de l'Angoulême CFC[3].
À la suite du dépôt de bilan de l'AS Moulins, les autorités publiques des villes d'Yzeure, de Moulins et de l'AS Yzeure décide de fusionner les clubs et créé le Moulins Yzeure Foot. Cette décision a pour conséquence de libérer une place en CFA 2 qui permet le maintien à ce niveau de l'Aubagne FC[4].
Le président du SR Colmar annonce le dépôt de bilan du club le 20 juin 2016, provoquant la rétrogradation du club alsacien en Division d'Honneur et par la même occasion le sauvetage en CFA de l'AS Vitré et en CFA 2 de l'US Tourcoing FC.
À la suite de la rétrogradation administrative du SO Châtelleraudais en Division d'Honneur le 1er juillet, le Lannion FC est finalement maintenu en CFA 2[5].
R Relégué de CFA P Promu de Division d'Honneur. Pts points ; G victoires ; N match nuls ; P défaites Bp buts marqués ; Bc buts encaissés ; Diff différence de buts
Classement du Groupe C — mise à jour : 21 mai 2017
R Relégué de CFA P Promu de Division d'Honneur. Pts points ; G victoires ; N match nuls ; P défaites Bp buts marqués ; Bc buts encaissés ; Diff différence de buts
Classement du Groupe D — mise à jour : 21 mai 2017
R Relégué de CFA P Promu de Division d'Honneur. Pts points ; G victoires ; N match nuls ; P défaites Bp buts marqués ; Bc buts encaissés ; Diff différence de buts
Classement du Groupe E — mise à jour : 21 mai 2017
R Relégué de CFA P Promu de Division d'Honneur. Pts points ; G victoires ; N match nuls ; P défaites Bp buts marqués ; Bc buts encaissés ; Diff différence de buts
Classement du Groupe F — mise à jour : 21 mai 2017
R Relégué de CFA P Promu de Division d'Honneur. Pts points ; G victoires ; N match nuls ; P défaites Bp buts marqués ; Bc buts encaissés ; Diff différence de buts
↑Ayant acquis sa montée en CFA 2 sur le terrain, le SU Divaise n'a pas été autorisé à monter dans un premier temps et a fait de nombreux recours pour faire valoir son droit. Ce n'est que le 20 septembre 2016[1] que le tribunal administratif entérine la montée en CFA 2 du club qui est intégré dans le groupe F, ce groupe étant le seul à 13 équipes à la suite du retrait de l'équipe réserve d'Évian Thonon Gaillard FC[2].
↑L'équipe réserve du RC Strasbourg ne peut pas monter en division supérieure car le club ne remplit pas les obligations nécessaires pour autoriser cette promotion.
↑A quelques jours du début des championnats nationaux, les dirigeants de l'Évian Thonon Gaillard FC décident de ne pas aligner d'équipe au niveau national.