Le championnat de Suisse de football de Ligue nationale A 1998-1999 a vu la consécration du Servette FC. L'avant-dernière journée du championnat est marquée par une grande première sur le plan européen : la Jurassienne Nicole Petignat dirige la rencontre entre Neuchâtel Xamax et Bâle.
Le championnat se compose de deux tours. Le tour préliminaire se déroule en automne avec 12 équipes. Le tour final a lieu au printemps avec les 8 meilleures équipes du tour préliminaire. Celles-ci conservent la moitié de leurs points acquis au tour préliminaire. Les quatre derniers du tour préliminaire jouent un tour de promotion/relégation avec les quatre premiers de Ligue nationale B à l'issue duquel quatre équipes sont promues en Ligue nationale A, les autres restant en Ligue nationale B.
Place | Club | Pts | J | V | N | D | Buts + | Buts - | Diff. |
1er | Servette FC | 44 | 22 | 12 | 8 | 2 | 38 | 24 | +14 |
2e | Grasshopper Zürich | 38 | 22 | 11 | 5 | 6 | 37 | 25 | +12 |
3e | FC Zurich | 38 | 22 | 10 | 8 | 4 | 33 | 21 | +12 |
4e | Lausanne-Sports | 38 | 22 | 10 | 8 | 4 | 36 | 33 | 3 |
5e | Neuchâtel Xamax | 32 | 22 | 7 | 11 | 4 | 30 | 23 | 7 |
6e | FC Bâle | 28 | 22 | 8 | 4 | 10 | 21 | 34 | -13 |
7e | FC Lucerne | 27 | 22 | 6 | 9 | 7 | 26 | 25 | 1 |
8e | FC Saint-Gall | 27 | 22 | 7 | 6 | 9 | 31 | 31 | 0 |
9e | FC Sion | 23 | 22 | 5 | 8 | 9 | 22 | 36 | -14 |
10e | FC Lugano | 22 | 22 | 5 | 7 | 10 | 35 | 43 | -8 |
11e | BSC Young Boys | 19 | 22 | 4 | 7 | 11 | 33 | 34 | -1 |
12e | FC Aarau | 16 | 22 | 3 | 7 | 12 | 28 | 41 | -13 |
Place | Club | Pts | J | V | N | D | Buts + | Buts - | Diff. | Bonus 1 |
1er | Servette FC | 46 | 14 | 7 | 3 | 4 | 19 | 14 | +5 | 22 |
2e | Grasshopper Zürich | 46 | 14 | 8 | 3 | 3 | 31 | 11 | +20 | 19 |
3e | Lausanne-Sports | 45 | 14 | 8 | 2 | 4 | 28 | 20 | +8 | 19 |
4e | FC Zurich | 42 | 14 | 7 | 2 | 5 | 24 | 15 | +9 | 19 |
5e | FC Bâle | 33 | 14 | 5 | 4 | 5 | 18 | 19 | -1 | 14 |
6e | Neuchâtel Xamax | 28 | 14 | 2 | 6 | 6 | 12 | 27 | -15 | 16 |
7e | FC Lucerne | 28 | 14 | 4 | 2 | 8 | 13 | 27 | -14 | 14 |
8e | FC Saint-Gall | 24 | 14 | 2 | 4 | 8 | 13 | 25 | -12 | 14 |
1 moitié des points du tour préliminaire.