C'est grâce à cela qu'il s'est fait connaître à la fois comme soliste, comme instrumentiste de musique de chambre et musicologue. Il a enregistré de nombreux disques couvrant un très vaste répertoire qui s'étend des virginalistes anglais aux classiques viennois. Christopher Hogwood est également l'auteur d'un important ouvrage sur Haendel. Il joue aussi de l'orgue et du clavicorde. En avril 2005, Christopher Hogwood a accepté d'être membre honoraire de la Charles Avison Society.
Quand il s'échappe du répertoire baroque, il revisite des compositeurs tels que Gade ou Mendelssohn. Il a toujours été intéressé par la musique contemporaine (Stravinsky, Martinů, etc.). Outre son activité de concertiste, il apporte son concours à plusieurs éditeurs de musique imprimée.
Il dirige également le Kammerorchester de Bâle et l'Orquesta Ciudad de Grenade. Il a travaillé avec l'Opéra d'Australie, celui de Berlin, avec l'Opéra Royal de Stockholm, avec le Théâtre de l'Opéra Royal de Londres, pour les Chorégies d’Orange et dirige l'Ariodante de Haendel au Grand Opéra de Houston. Son catalogue d'enregistrements compte plus de 200 titres y compris l'intégrale des symphonies de Mozart, pour la première fois, sur des instruments historiques, tenant le rôle de continuiste.
Johann Sebastian Bach, Les Suites françaises BWV 812-819. CD, L'Oiseau-Lyre, 1984.
Johann Sebastian Bach, Les Concertos brandebourgeois, Concertos pour deux et trois clavecins BWV 1060, 1062 et 1064, avec The Academy of Ancient Music, Christophe Rousset, Davitt Moroney et Christopher Hogwood, clavecins. 2 CD, L'Oiseau-Lyre, 1985/1991.
Johann Sebastian Bach, Les Suites pour orchestre, Concertos pour deux clavecins BWV 1060 et 1062, avec The Academy of Ancient Music, Christophe Rousset et Christopher Hogwood, clavecins. 2 CD, L'Oiseau-Lyre, 1988/1989.
Johann Sebastian Bach, Concertos pour deux clavecins BWV 1060 et 1062, Concerto pour deux violons BWV 1043, Concerto pour violon et hautbois BWV 1060 (reconstruction), avec The Academy of Ancient Music, Christophe Rousset et Christopher Hogwood, clavecins, Jaap Schröder, Christopher Hirons et Catherine Mackintosh, violons et Stephen Hammer, hautbois. CD, L'Oiseau-Lyre, 1989.
Johann Sebastian Bach, Concertos pour trois et quatre clavecins BWV 1063-1065, Concerto pour trois violons BWV 1064 (arrangement de Christopher Hogwood); Antonio Vivaldi, Concerto pour quatre violons op. 3, RV 580, avec The Academy of Ancient Music, Christophe Rousset, Davitt Moroney, Colin Tilney et Christopher Hogwood, clavecins, Christopher Hirons, Monica Huggett et Catherine Mackintosh, violons. CD, L'Oiseau-Lyre, 1992.
Johann Sebastian Bach, Les Concertos pour clavecin, Concerto pour flûte, violon et clavecin BWV 1044, avec The Academy of Ancient Music, Christophe Rousset, clavecin, Rachel Brown, flûte et Simon Standage, violon. 2 CD, L'Oiseau-Lyre, 1998.
Ludwig van Beethoven, Les Concertos pour piano, avec The Academy of Ancient Music, Steven Lubin, forte-piano. 3 CD, L'Oiseau-Lyre, 1987/1989.
Ludwig van Beethoven, Les Symphonies, avec The Academy of Ancient Music. 5 CD, L'Oiseau-Lyre, 1986/1989.
Georg Friedrich Haendel, Water Music, The Musick for the Royal Fireworks, Concerti a due cori, The Alchymist, avec The Academy of Ancient Music. 2 CD, L'Oiseau-Lyre, 1978-1985.
Georg Friedrich Haendel, Les Concerti grossi op. 3 n. 1-6, avec Handel and Haydn Society. CD, L'Oiseau-Lyre, 1989.
Georg Friedrich Haendel, Les Concerti grossi op. 6 n. 1-12, avec Handel and Haydn Society. 3 CD, L'Oiseau-Lyre, 1993.
Georg Friedrich Haendel, La Resurrezione, avec The Academy of Ancient Music, Emma Kirkby, Patrizia Kwella, Carolyn Watkinson, Ian Partridge et David Thomas. 2 CD, L'Oiseau-Lyre, 1982.
Georg Friedrich Haendel, Athalia, avec Choir of New College Oxford et The Academy of Ancient Music, Joan Sutherland, Emma Kirkby, James Bowman, Aled Jones, Anthony Rolfe Johnson et David Thomson. 2 CD, L'Oiseau-Lyre, 1986.
Georg Friedrich Haendel, Orlando, avec The Academy of Ancient Music, James Bowman, Arleen Auger, Catherine Robbin, Emma Kirkby et David Thomas. 3 CD, L'Oiseau-Lyre, 1991.
Joseph Haydn, Les Concertos pour violoncelle, avec The Academy of Ancient Music, Christophe Coin, violoncelle. CD, L'Oiseau-Lyre, 1983.
Joseph Haydn, Concerto pour trompette, Concerto pour cor n°1, Concerto pour orgue n°1, avec The Academy of Ancient Music, Friedemann Immer, trompette, Timothy Brown, cor et Christopher Hogwood, orgue. CD, L'Oiseau-Lyre, 1987
Joseph Haydn, Die Schöpfung, avec Chorus and Orchestra of The Academy of Ancient Music, Emma Kirkby, Anthony Rolfe Johnson et Michael George. 2 CD, L'Oiseau-Lyre, 1990.
Joseph Haydn, L'anima del filosofo, avec Chorus and Orchestra of The Academy of Ancient Music, Cecilia Bartoli, Uwe Heilmann et Ildebrando D'Arcangelo. 2 CD, L'Oiseau-Lyre, 1997.
Joseph Haydn, Symphonies 1-75, 94, 96, 100, 104, 107, 108, avec The Academy of Ancient Music. 32 CD, L'Oiseau-Lyre, 2012[3].
Wolfgang Amadeus Mozart, Les Symphonies, avec The Academy of Ancient Music, Jaap Schröder, violon. 19 CD, L'Oiseau-Lyre, 1979-1986.
Wolfgang Amadeus Mozart, Concerto pour clarinette, Concerto pour hautbois, avec The Academy of Ancient Music, Antony Pay, clarinette de basset et Michel Piguet, hautbois. CD, L'Oiseau-Lyre, 1986.
Wolfgang Amadeus Mozart, Concerto pour flûte et harpe, Concerto pour flûte n°1, Andante en do, Concerto pour basson, avec The Academy of Ancient Music, Lisa Beznosiuk, flûte, Frances Kelly, harpe et Danny Bond, basson. CD, L'Oiseau-Lyre, 1988.
Wolfgang Amadeus Mozart, Les Concertos pour violon, 2 Rondos, Adagio K. 261, avec The Academy of Ancient Music, Simon Standage, violon. 2 CD, L'Oiseau-Lyre, 1991.
Wolfgang Amadeus Mozart, Les Concertos pour cor, avec The Academy of Ancient Music, Anthony Halstead, cor. CD, L'Oiseau-Lyre, 1994.
Wolfgang Amadeus Mozart, Une petite musique de nuit, K. 525, Notturno pour 4 orchestres, K. 286, Serenata notturna, K. 239, avec The Academy of Ancient Music. CD, L'Oiseau-Lyre, 1984
Wolfgang Amadeus Mozart, Marche en ré, K. 189, Sérénade en ré, K. 185, avec The Academy of Ancient Music. CD, L'Oiseau-Lyre, 1985.
Wolfgang Amadeus Mozart, Sérénade Cor de postillon en ré, K. 320, Marche en ré, K. 335 n°1, Marche en ré, K. 335 n°2, Musique de ballet de "Idomeneo", K. 367, avec The Academy of Ancient Music. CD, L'Oiseau-Lyre, 1996.
Wolfgang Amadeus Mozart, La clemenza di Tito, avec Chorus and Orchestra of The Academy of Ancient Music, Barbara Bonney, Cecilia Bartoli, Della Jones et Uwe Heilmann. 2 CD, L'Oiseau-Lyre, 1995
Wolfgang Amadeus Mozart, Die Entführung aus dem Serail, avec Chorus and Orchestra of The Academy of Ancient Music, Lynne Dawson, Uwe Heilmann et Marianne Hirsti. 2 CD, L'Oiseau-Lyre, 1991.
Henry Purcell, Didon et Énée, avec Chorus and Orchestra of The Academy of Ancient Music. CD, L'Oiseau-Lyre, 1994.
Henry Purcell, The Indian Queen, avec Chorus and Orchestra of The Academy of Ancient Music. CD, L'Oiseau-Lyre, 1995.
Antonio Vivaldi, Il cimento dell'armonia e dell'inventione, op.8. Les Quatre Saisons, avec The Academy of Ancient Music, Alison Bury, Christopher Hirons, John Holloway, Monica Huggett, Catherine Mackintosh, violons et Michel Piguet, hautbois. 2 CD, L'Oiseau-Lyre, 1986.