Dickeya

Classification LPSN
Domaine	Bacteria
Embranchement	Pseudomonadota
Classe	Gammaproteobacteria
Ordre	Enterobacterales
Famille	Pectobacteriaceae

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Dickeya est un genre de bacilles Gram négatifs de la famille des Pectobacteriaceae. Son nom fait référence au phytopathologiste R.S. Dickey en hommage à ses contributions concernant l'étude du « complexe Erwinia chrysanthemi »^[1].

Plusieurs espèces sont des phytopathogènes notoires^[2]^,^[3].

Taxonomie

Ce genre a été créé en 2005 par reclassement des espèces Pectobacterium chrysanthemi et Brenneria paradisiaca déjà comptées dans la famille des Pectobacteriaceae^[1].

Jusqu'en 2016 il était compté parmi les Enterobacteriaceae auquel il était rattaché sur la base de critères phénotypiques. Depuis la refonte de l'ordre des Enterobacterales en 2016 par Adeolu et al. à l'aide des techniques de phylogénétique moléculaire, il a été déplacé vers la famille des Pectobacteriaceae nouvellement créée^[4].

Liste d'espèces

Selon la LPSN (26 octobre 2022)^[5] :

Dickeya aquatica Parkinson et al. 2014
Dickeya chrysanthemi (Burkholder et al. 1953) Samson et al. 2005 – espèce type
Dickeya dadantii Samson et al. 2005
Dickeya dianthicola Samson et al. 2005
Dickeya fangzhongdai Tian et al. 2016
Dickeya lacustris Hugouvieux-Cotte-Pattat et al. 2019
Dickeya oryzae Wang et al. 2020
Dickeya parazeae Hugouvieux-Cotte-Pattat & Van Gijsegem 2021
Dickeya poaceiphila Hugouvieux-Cotte-Pattat et al. 2020
Dickeya solani van der Wolf et al. 2014
Dickeya undicola Oulghazi et al. 2019
Dickeya zeae Samson et al. 2005

Les espèces suivantes ont été reclassées :

Dickeya dadantii subsp. dieffenbachiae (Samson et al. 2005) Brady et al. 2012 : reclassement de D. dieffenbachiae
Musicola paradisiaca (Fernandez-Borrero & Lopez-Duque 1970) Hugouvieux-Cotte-Pattat et al. 2021 : reclassement de D. paradisiaca

Plantes hôtes

Le tableau suivant indique une correspondance entre certaines espèces et leurs plantes hôtes^[6]^,^[7] :

Espèces du genre *Dickeya*
	Synonymes	Principales plantes-hôtes
Dickeya chrysanthemi bv. chrysanthemi	Erwinia chrysanthemi biotype 5 Erwinia chrysanthemi pv. chrysanthemi Pectobacterium chrysanthemi pv. chrysanthemi	Chrysanthemum spp., pomme de terre, chicorée, tomate, tournesol
Dickeya chrysanthemi bv. parthenii	Erwinia chrysanthemi biotype 6 Erwinia chrysanthemi pv. parthenii Pectobacterium chrysanthemi pv. parthenii	Parthenium, artichaut, Philodendron
Dickeya dadantii	Erwinia chrysanthemi biotype 3 (certaines souches)	Pelargonium, ananas, pomme de terre, Dianthus spp., Euphorbia, patate douce, bananier, maïs, Philodendron, Saintpaulia
Dickeya dianthicola	Erwinia chrysanthemi biotypes 1, 7 et 9 Erwinia chrysanthemi pv. dianthicola Pectobacterium chrysanthemi pv. dianthicola	Dianthus spp., pomme de terre, tomate, chicorée, artichaut, Dahlia, Kalanchoe
Dickeya dieffenbachiae	Erwinia chrysanthemi biovar 2 Erwinia chrysanthemi pv. dieffenbachiae Pectobacterium chrysanthemi pv. dieffenbachiae	Dieffenbachia, tomate, bananier
Dickeya paradisiaca	Erwinia chrysanthemi biotype 4 Erwinia chrysanthemi pv. paradisiaca Erwinia paradisiaca Brenneria paradisiaca	Bananier, maïs, pomme de terre
Dickeya solani	Dickeya spp biotype 3 (certaines souches)	Pomme de terre, jacinthe
Dickeya zeae	Erwinia chrysanthemi biotype 8 et autres souches du biotype 3 Pectobacterium chrysanthemi biotype 8 et autres souches du biotype 3	Maïs, pomme de terre, ananas, bananier, tabac, riz, Brachiaria, Chrysanthemum spp.

Notes et références

↑ ^{a et b} (en) Samson R et al, « Transfer of Pectobacterium chrysanthemi (Burkholder et al. 1953) Brenner et al. 1973 and Brenneria paradisiaca to the genus Dickeya gen. nov. as Dickeya chrysanthemi comb. nov. and Dickeya paradisiaca comb. nov. and delineation of four novel species, Dickeya dadantii sp. nov., Dickeya dianthicola sp. nov., Dickeya dieffenbachiae sp. nov. and Dickeya zeae sp. nov. », International journal of systematic and evolutionary microbiology, vol. 55, n^o Pt 4,‎ juillet 2005, p. 1415–27 (PMID 16014461). Accès libre
↑ (en) Yamazaki A et al, « Commensal effect of pectate lyases secreted from Dickeya dadantii on proliferation of Escherichia coli O157:H7 EDL933 on lettuce leaves. », Applied and environmental microbiology, vol. 77, n^o 1,‎ janvier 2011, p. 156–62 (PMID 21075884).
↑ (en) Glasner JD et al, « Genome sequence of the plant-pathogenic bacterium Dickeya dadantii 3937. », Journal of bacteriology, vol. 193, n^o 8,‎ avril 2011, p. 2076–7 (PMID 21217001).
↑ Adeolu M et al. « Genome-based phylogeny and taxonomy of the ‘Enterobacteriales’: proposal for Enterobacterales ord. nov. divided into the families Enterobacteriaceae, Erwiniaceae fam. nov., Pectobacteriaceae fam. nov., Yersiniaceae fam. nov., Hafniaceae fam. nov., Morganellaceae fam. nov., and Budviciaceae fam. nov. » Int J Syst Evol Microbiol. 2016;66(12):5575-5599. Accès libre.
↑ List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 26 octobre 2022
↑ (en) K. Toth, J. M. van der Wolf, G. Saddler, E. Lojkowska, V. Hélias, M. Pirhonen, L. Tsror (Lahkim), J. G. Elphinstone, « Dickeya species: an emerging problem for potato production in Europe », Plant Pathology, vol. 60, n^o 3,‎ juin 2011, p. 385–594 (DOI 10.1111/j.1365-3059.2011.02427.x, lire en ligne).
↑ (en) Robert Czajkowsk, « Ecology and control of Dickeya spp. in potato », Leiden, Leiden University, Institute of Biology, 2011 (consulté le 4 mars 2013).

Liens externes

(en) Référence NCBI : Dickeya (taxons inclus) (consulté le 3 mars 2013)

Portail de la microbiologie

[Samson_2005-1] {a et b} (en) Samson R et al, « Transfer of Pectobacterium chrysanthemi (Burkholder et al. 1953) Brenner et al. 1973 and Brenneria paradisiaca to the genus Dickeya gen. nov. as Dickeya chrysanthemi comb. nov. and Dickeya paradisiaca comb. nov. and delineation of four novel species, Dickeya dadantii sp. nov., Dickeya dianthicola sp. nov., Dickeya dieffenbachiae sp. nov. and Dickeya zeae sp. nov. », International journal of systematic and evolutionary microbiology, vol. 55, n^o Pt 4,‎ juillet 2005, p. 1415–27 (PMID 16014461). Accès libre

[2] (en) Yamazaki A et al, « Commensal effect of pectate lyases secreted from Dickeya dadantii on proliferation of Escherichia coli O157:H7 EDL933 on lettuce leaves. », Applied and environmental microbiology, vol. 77, n^o 1,‎ janvier 2011, p. 156–62 (PMID 21075884).

[3] (en) Glasner JD et al, « Genome sequence of the plant-pathogenic bacterium Dickeya dadantii 3937. », Journal of bacteriology, vol. 193, n^o 8,‎ avril 2011, p. 2076–7 (PMID 21217001).

[4] Adeolu M et al. « Genome-based phylogeny and taxonomy of the ‘Enterobacteriales’: proposal for Enterobacterales ord. nov. divided into the families Enterobacteriaceae, Erwiniaceae fam. nov., Pectobacteriaceae fam. nov., Yersiniaceae fam. nov., Hafniaceae fam. nov., Morganellaceae fam. nov., and Budviciaceae fam. nov. » Int J Syst Evol Microbiol. 2016;66(12):5575-5599. Accès libre.

[LPSN26_octobre_2022-5] List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 26 octobre 2022

[Toth-6] (en) K. Toth, J. M. van der Wolf, G. Saddler, E. Lojkowska, V. Hélias, M. Pirhonen, L. Tsror (Lahkim), J. G. Elphinstone, « Dickeya species: an emerging problem for potato production in Europe », Plant Pathology, vol. 60, n^o 3,‎ juin 2011, p. 385–594 (DOI 10.1111/j.1365-3059.2011.02427.x, lire en ligne).

[7] (en) Robert Czajkowsk, « Ecology and control of Dickeya spp. in potato », Leiden, Leiden University, Institute of Biology, 2011 (consulté le 4 mars 2013).

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