Sellin étudie la théologie et les langues orientales. Entre 1897 et 1908, il enseigne à la faculté théologique de Vienne, entre 1908 et 1913 à l'université de Rostock, entre 1913 et 1921 à Kiel et entre 1921 et 1935 à Berlin.
Sellin est un pionnier de l'utilisation de l'archéologie pour les sciences bibliques. Il participe à des fouilles archéologiques en Palestine (Jéricho, T'anach ou Sichem par exemple).
L'une de ses grandes découvertes est la solution à une prétendue grande contradiction de la Bible, à savoir si Jésus a guéri l'aveugle sur le chemin ou bien arrivé à Jéricho (Luc 18:35 et Marc 10:46). Sellin découvre deux Jéricho jumelles, l'une étant l'ancienne cité mentionnée dans le livre de Josué et l'autre la nouvelle cité romaine. Les deux sont distantes d'un mile et appelées "Jéricho". Donc Jésus quitte la Jéricho de Luc pour arriver dans la Jéricho de Marc.
C'est comme théologien qu'il traite des sujets de l'Ancien Testament. Il a aussi essayé d'intégrer les idées de Sigmund Freud dans la théologie.
Beiträge zur israelitischen und jüdischen Religionsgeschichte, 1896
Studien zur Entstehungsgeschichte der jüdischen Gemeinde, 1901
Tell Ta‘annek. Bericht über eine mit Unterstützung der kaiserlichen Akademie der Wissenschaften und des k. k. Ministeriums für Kultus und Unterricht unternommene Ausgrabung in Palästina, Wien 1904; Nachdruck Frankfurt am Main 2006
Eine Nachlese auf dem Tell Ta‘annek in Palästina, Wien 1906; Nachdruck Frankfurt am Main 2006
Das Rätsel des deuterojesajanischen Buches, 1907
Die israelitisch-jüdische Heilandserwartung, 1909
Der alttestamentliche Prophetismus. A. Deichert'sche Verlagsbuchhandlung, Leipzig 1912.
Jericho. Die Ergebnisse der Ausgrabungen, 1913 (mit Carl Watzinger)
Einleitung in das Alte Testament, 1910, 12 Auflagen bis 1979
Mose und seine Bedeutung für die israelitisch-jüdische Religionsgeschichte, A. Deichersche Verlagsbuchhandlung Dr. Werner Scholl, Leipzig, 1922
Das Alte Testament im christlichen Gottesdienst und Unterricht, 1936
Siegfried Kreuzer: Palästinaarchäologie aus Österreich. Ernst Sellins Ausgrabungen auf dem Tell Taʿannek in Israel (1902-1904). In: Zeitenwechsel und Beständigkeit. Beiträge zur Geschichte der Evangelisch-theologischen Fakultät in Wien 1821–1996. [Schriftenreihe des Universitätsarchivs, Bd. 10]. Wien 1997. S. 257–276, (ISBN978-3851143140).
Siegfried Kreuzer: Die Ausgrabungen des Wiener Alttestamentlers Ernst Sellin in Tell Taʿannek (Taanach) von 1902 bis 1904 im Horizont der zeitgenössischen Forschung. In: Protokolle zur Bibel 13 (2004), S. 107–130.
Siegfried Kreuzer (Hrsg.): Taanach / Tell Taʿannek. 100 Jahre Forschungen zur Archäologie, zur Geschichte, zu den Fundobjekten und zu den Keilschrifttexten. Mit Beiträgen von Frank S. Frick, Wayne Horowitz, Siegfried Kreuzer, Takayoshi Oshima, Regine Pruzsinszky, Mark S. Ziese und Wolfgang Zwickel sowie einem Nachdruck der Grabungsberichte von Ernst Sellin und der Textedition von Friedrich Hrozný. (Wiener Alttestamentliche Studien; 5). Lang, Wien/Frankfurt 2006. (ISBN978-3-631-55104-2).
Siegfried Kreuzer: Ernst Sellin und Gottlieb Schumacher. In: Charlotte Trümpler (Hrsg.): Das große Spiel. Archäologie und Politik zur Zeit des Kolonialismus (1860-1940). Essen 2008. S. 136–145, 655f. (ISBN978-3-8321-9063-7).
Siegfried Kreuzer: Das Verständnis des biblischen Monotheismus bei Ernst Sellin. In: Wiener Jahrbuch für Theologie 2012. Wien 2013. S. 175–187. (ISBN978-3-8471-0065-2).
Ulrich Palmer: Ernst Sellin – Alttestamentler und Archäologe. Mit einem Beitrag von Hermann Michael Niemann Beiträge zur Erforschung des Alten Testaments und des Antiken Judentums. Lang, Frankfurt am Main u. a. 2012. (ISBN978-3-631-61078-7).