Goddio a également découvert plusieurs jonques et navires dans les eaux des Philippines, notamment le galion espagnol le San Diego, ou le navire de la Compagnie anglaise des Indes Royal Captain.
À partir de 1985, il se consacre à l'archéologie sous-marine et entreprend ses premières missions aux Philippines. Il fonde en 1987 l'Institut européen d'archéologie sous-marine (IEASM)[2], ayant pour mission de rechercher des épaves, d’en assurer la fouille, la restauration, les études et publications scientifiques ainsi que la divulgation au public par des ouvrages, des films et des expositions. L'IEASM adhère aux normes de la convention 2001 de l'Unesco sur la protection du patrimoine culturel subaquatique[3].
En 1994, une exposition à la Grande halle de La Villette à Paris est consacrée aux vestiges du San Diego, galion espagnol coulé en 1600. L'exposition présente au public le travail d'équipe qui a permis de l'explorer – équipe composée d’archivistes, ingénieurs, plongeurs, archéologues, scientifiques, dessinateurs, photographes et cinéastes.
En 2006, il est commissaire de l'exposition itinérante « Trésors engloutis d’Égypte »[4]. Après leur rapatriement en Égypte, une partie des objets ont de nouveau été réunis pour former l'exposition « Cleopatra, The Search for the Last Queen of Egypt » pour une tournée aux États-Unis [5]. En 2015, il est commissaire une nouvelle exposition itinérante « Osiris, Mystères engloutis d'Égypte»[6]. En 2018 il est nommé professeur invité en archéologie maritime à l'université d'Oxford. Parallèlement, il poursuit les fouilles en Égypte en baie d'Aboukir et à Alexandrie ainsi qu'aux Philippines.
À partir de 1992, Franck Goddio engage avec le Conseil suprême des Antiquités égyptiennes (CSA) un vaste projet archéologique ayant pour but la cartographie du port Est d’Alexandrie.
1996 : Une carte des vestiges archéologiques sous-marins dans le port oriental est établie. Les fouilles ont mis au jour l’île d’Antirhodos, le port royal des galères et la péninsule du Poseidium formant les quartiers royaux.
2001: La nouvelle carte du Portus Magnus est présentée au British Museum dans le cadre de l'exposition « Cleopatra of Egypt, from History to Myth ».
En 2020, il poursuit des fouilles, des études scientifiques et publications[8].
2000 : découverte de la ville portuaire Thônis-Héracléion à 6,5 km en mer dont l'histoire n'avait gardé que quelques mentions épigraphiques.
À ce jour : poursuite des fouilles sur les sites de Canope et de Thônis-Héracléion. Finalisation de l’étude topographique de la ville et publications[8].
1985 : jonque du récif Royal Captain Shoal, céramiques datant de l’époque de la dynastie Ming (fin XVIe siècle), côte ouest de l’île de Palawan, Philippines.
1987 – 1990 : recherche et fouille du San Jose, un vaisseau espagnol (XVIIe siècle), Philippines
1988 : sondage des vestiges du Nuestra Señora de la Vida, un vaisseau espagnol (XVIIe siècle), Philippines.
1989 : repérage du Saõ Bartolomeo, un vaisseau portugais coulé en 1627 près des côtes françaises.
1990 : recherche et fouille de la jonque Investigator, période de la dynastie Song, (XIIIe siècle) au sud-ouest de l’Île de Palawan, Philippines.
1991 : recherche et fouille de la jonque Breaker, période de la dynastie Song, (XIe siècle), sur la côte ouest de l’île de Palawan, Philippines.
1990 – 1994 : recherche et fouille du San Diego, galion espagnol coulé le , au large de l’île de Fortune aux Philippines.
1995 – 1996 : découverte et fouille de la jonque San Isidro, période de la dynastie des Ming (vers 1510) près de l’île de Luçon, Philippines.
1997 : découverte et fouille de la jonque Lena (vers 1490) en face de l’île de Busuanga, Philippines.
1998 – 1999 : fouilles archéologiques des vestiges de la flotte de Bonaparte : L’Orient, la Sérieuse, l’Artémise coulés le à la bataille d'Aboukir, Égypte.
1999 : découverte et fouille de la jonque Española (vers 1490) par trente mètres de fond en face de l’île de Palawan, Philippines.
2000 : fouille de sauvetage d’une jonque (vers 1490), Santa Cruz, par trente-cinq mètres de fond.
2002 : découverte et fouille de l’Adelaide, vaisseau de la « traite » de 1714 sur la côte de Cuba.
2003 - à ce jour : les missions de prospections sous-marines sont poursuivies à l’aide de nouveaux appareils de détection géophysique afin d'approfondir des « pistes » de recherches, guidées par des indications textuelles et les découvertes archéologiques des années précédentes.
Exposition des vestiges du galion espagnol ainsi que présentation du travail des équipes, composée d’archivistes, ingénieurs, plongeurs, archéologues, scientifiques renommés, dessinateurs, photographes et cinéastes : Paris, Grande halle de la Villette ( - ), Madrid ( - ), New York ( - ), Berlin (juin - ), Manille (février - ).
Une sélection[12] de près de 500 artefacts parmi les plus beaux et des plus importants sur le plan historique, exhumés au cours des fouilles en baie d'Aboukir et dans le port est d'Alexandrie sont présentés dans une exposition itinérante à Berlin (avril-), Paris (-[13]), Bonn (-), Madrid (avril-), Turin (février-) et Yokohama au Japon (juin-).
Les objets des trésors engloutis d'Égypte en rapport avec les Ptolémées participent à une nouvelle exposition présentée dans les grandes métropoles d'Amérique du Nord[14]. Philadelphie, PA ( - ); Cincinnati, OH ( - ); Milwaukee (WI) (14 oct. 2011 - 15 april 2012); Los Angeles (CA) - ( - ).
Plus de 290 pièces, provenant pour leur majeure partie des fouilles sous-marines récentes de l’IEASM et de Franck Goddio[15] dans la baie d'Aboukir ont été présentées du au dans l'exposition temporaire, « Osiris, Mystère engloutis d'Égypte »[16],[17], à l'Institut du monde arabe à Paris. Une quarantaine de chefs-d’œuvre issues des musées du Caire et d’Alexandrie les complétaient — des pièces rares, encore jamais vues en France et dont certaines sortent d’Égypte pour la première fois.
L'exposition « Osiris, Mystères engloutis d'Égypte » a été présentée au British Museum[18] dans une version complétée par quelques pièces du British Museum du au sous le titre Sunken cities, Egypt's lost worlds. Le catalogue de l'exposition a été sélectionné pour la liste des livres de l'année du supplément littéraire du Times (TLS)[19],[20]. L'exposition a ensuite été installée à Zurich au Musée Rietberg (février-); à Saint Louis (M0, USA) au Saint Louis Art Museum[21] (mars-[22]) ; à Minneapolis (MN, USA) au Minneapolis Institute of Art[23] (-); à Simi Valley (CA, USA) à la Ronald Reagan Presidential Library and Museum (Oct. 2018-April 2019) et au Virginia Museum of fine arts[24] (VA, USA) à Richmond (July 2020-January 2021).
Franck Goddio " Trésors engloutis. Journal de bord d'un archéologue " avec la collaboration d'Hélène Constanty, Éditions du Chêne, Paris, 2003
J. Yoyotte, F. Goddio, D. Fabre et al. Trésors engloutis d'Égypte, catalogue de l'exposition, Paris, 2007, (ISBN2-02-091265-1) ;
Franck Goddio, Underwater Archaeology in the Canopic Region: Topography and Excavations, OCMA, Institute of Archaeology, University of Oxford, 2007, (ISBN978-0-954962739) ;
Zahi Hawass, Franck Goddio, Cleopatra, The Search for the last Queen of Egypt, National Geographic, 2010, (ISBN978-1-426207518) ;
Franck Goddio et David Fabre, Osiris, Mystères engloutis d'Égypte, Paris, 2015 (ISBN978-2-0813-6664-0) ;
Franck Goddio and Damian Robinson (Eds.), Thonis-Heracleion in context, Oxford Centre for Maritime Archaeology, Oxford 2015, (ISBN978-1-9059-05331) ;
Franck Goddio and Aurélia Masson-Berghoff, Sunken cities, Egypt's lost worlds, Thames & Hudson in cooperation with the British Museum, 2016, (ISBN978-0500-29237-2) ;
Sylvie Cauville and Franck Goddio, De la Stèle du Satrape (ligne14-15) au temple de Kom Ombo, in Göttinger Miszellen, Beiträge zur ägyptologischen Diskussion (Helft 253/2017, N° 950), p. 45-54.
F. Goddio, S. von Bomhard, C. Grataloup, Thônis-Héracleion : Mémoire et Reflets de l'Histoire Saïte, JEA 2020, Vol. 106, 171-186
Jonques et navires
Le San Diego, un trésor sous la mer, avec Jean-Paul Desroches, Franck Goddio, Michel L'Hour, Marie-France Dupoizat, Pierre Pourvoyeur, AFAA, RMN Paris, 1994, (ISBN2-7118-3135-3) ;
Griffin, une rencontre avec l’histoire, avec Evelyne Jay Guyot de Saint Michel. Londres, 1999, (ISBN1-902699-03-3) ;
L’étrange voyage de la jonque Lena, avec Monique Crick, Stacey Pearson, Peter Lan, Londres, 2002, (ISBN1-902699-36-X).
China’s Erben – Handelskrieg auf hoher See (L’héritage chinois – guerre commerciale en haute mer) : documentaire produit par Spiegel TV, diffusé en Allemagne par ZDF, ;
Entdecker am Meeres Grund (Découvreur des fonds marins) : documentaire sur l’exposition Trésors engloutis d'Égypte, les fouilles, la restauration des objets, la création et le montage de l’exposition.
DVD de l'exposition « Trésors engloutis d'Égypte » spécifique pour chaque exposition :
Franck Goddio : Auf den Spuren versunkener Schätze, Spiegel TV, (ISBN3-937901-24-8) ;
Trésors engloutis d’Égypte, Point du Jour/Naïve, coproduction, avec Spiegel TV, France 5 et France 3, (EAN3-298490920-24-4) ;
↑(en-US) Edward Rothstein, « ‘Sunken Cities: Egypt’s Lost Worlds’ Review: Treasures Beneath the Waves », Wall Street Journal, (ISSN0099-9660, lire en ligne, consulté le )