Sous le nom de sa mère, il étudie la chirurgie avec Antoine Petit, devint maître ès arts en 1761, fut interne à la Pitié, puis à Bicêtre.
Chirurgien en chef de l'Hôpital de la Charité en 1782, professeur de pathologie interne en 1789, chirurgien en chef à l'École de médecine en 1790. Il succède en 1782 à Toussaint Bordenave à la chaire de Physiologie. Lors d'un voyage à Londres, il fit la connaissance de John Hunter avec lequel il entretint une abondante correspondance.
François Chopart meurt du choléra en 1795.
Radiographie du pied : articulation de Chopart (talo-navicualire et calcanéo-cuboïdienne) en vert, et articulations de Lisfranc (tarso-métatarsiennes) en rouge.Radiographie du pied après amputation selon Chopart.
François Chopart est notamment connu pour avoir mis au point une technique d'amputation, longtemps appliquée sur les champs de bataille, consistant à sectionner le pied non pas à travers l'os, mais en suivant les articulations talo-naviculaire et calcanéo-cuboïdienne (qui ont d'ailleurs été regroupées sous la dénomination d'articulation de Chopart en hommage au chirurgien).
Journal de médecine, chirurgie, pharmacie, etc., tome XXV, Migneret, 1812, p. 349-363
Pierre Sue: Notice historique sur François Chopart,[Paris, Impr. de Migneret], 1812, Texte intégral.
(de) Jörn Wolf, « François Chopart (1743-1795) - Erfinder der partiellen Fußamputation in der Articulatio tarsi transversa », in: Operative Orthopädie und Traumatologie, Munich, , 12 (4), p. 341-344.
(en) M. DeGere, J. Grady, « A Modification of Chopart’s Amputation With Ankle and Subtalar Arthrodesis by Using an Intramedullary Nail », in: The Journal of Foot and Ankle Surgery, vol. 44, no 4, p. 281-286.