Sekoto naît le à la mission luthérienne de Botshabelo[1]. Fils d'un missionnaire, la musique fait partie de sa vie dès le plus jeune âge car il joue de l'harmonium à l'église.
Il obtient son diplôme de professeur à Pietersburg puis enseigne à l'école de Khaiso pendant quatre ans.
Il participe à un concours d'art organisé par la Fort Hare University où il obtient le deuxième prix.
En 1938, à l'âge de 25 ans, il va à Johannesbourg se consacrer une carrière d'artiste. Il fait sa première exposition en 1939. En 1940 la Johannesburg Art Gallery achète une de ses œuvres. Il devient le premier artiste noir à entrer dans une collection de musée en Afrique du Sud. En 1942 il vit dans le District Six au Cap et en 1945 il part pour Pretoria.
En 1947, il quitte l'Afrique du Sud pour vivre à Paris. Les premières années à Paris sont dures et Sekoto est employé comme pianiste à l'Échelle de Jacob, une boîte de nuit branchée. Il y joue du jazz et chante du negro spiritual, mais aussi des chansons françaises populaires de l'époque. La musique devient son gagne-pain et sert à payer ses études d'art.
Entre 1956 et 1960, plusieurs des compositions de Sekoto sont enregistrées par Les Éditions Musicales. Sekoto joue du piano et chante dans de nombreux disques. Il a composé 29 chansons, inspirées par la solitude de l'exil.
Les peintures de Sekoto deviennent politiques dans les années 1970 en raison de l'apartheid qui règne dans son pays d'origine. En 1989 la Johannesburg Art Gallery l'a honoré d'une exposition rétrospective et l'université du Witwatersrand lui attribue un doctorat honoraire[2].
Barbara Lindop, Gerard Sekoto, Randburg: Dictum Publishing, 1988
Barbara Lindop, Sekoto: The Art of Gerard Sekoto, Pavilion, Londres, 1995, (ISBN9781857934618)
N. Chabani Manganyi, A Black Man Called Sekoto, Witwatersrand University Press, , (ISBN9781868142910)
Spiro, Lesley, Gerard Sekoto: Unsevered Ties, Johannesburg Art Gallery, 1.11.1989-10.2.1990, The Gallery (1989), (ISBN978-0620142137)
Chabani Manganyi, I Am an African: The Life and Times of Gerard Sekoto, Witwatersrand University Press; illustrated edition (Aug 1 2004), (ISBN978-1868144006)