Ayant choisi de s'installer au Canada en 1970, il y enchaîne diverses activités avant d'être envoyé comme coopérant en Ouganda par le Service universitaire canadien outre-mer (SUCO). Devant les exactions d'Idi Amin Dada, il se réfugie en Tanzanie (1972-1974) et revient finalement au Canada où il est travailleur social à Ottawa avant de tenter un retour à la terre dans les montagnes Rocheuses (1976-1979). Cette expérience aboutissant à une impasse, il décide alors de revenir à Paris pour écrire sa thèse et militer pour le Parti socialiste.
En 1994, il démissionne du Parti socialiste à cause de la politique française au Rwanda[3]. En juillet de la même année, il conseille les militaires français dans le cadre de l'opération Turquoise qui se déploie au Rwanda et assiste Jean-Christophe Rufin qui pour mission de mettre en place une ligne directe pour éviter des affrontements entre les troupes du Front patriotique rwandais (FPR) et les militaires français[4],[5].
Gérard Prunier a publié plusieurs livres et plus de 120 articles[6].
Les aventures du héros du roman En désespoir de causes de Denis Tillinac présentent des ressemblances frappantes avec la vie de Gérard Prunier, qui l'a sans aucun doute très fortement inspirée.
Rwanda : 1959-1996 : histoire d'un génocide (trad. Denise Luccioni), Dagorno, vers 1997 (réimpr. 1998, Rwanda : le génocide, avant propos de Patrick de Saint-Exupéry) (1re éd. 1996, The Rwanda crisis, history of a genocide), 514 p., 20 cm (ISBN2-910019-50-0)
(en) From Genocide to Continental War : The "Congolese" Conflict and the Crisis of Contemporary Africa, C. Hurst & Co, , 529 p. (ISBN978-1-85065-665-4)
↑(en) « Site personnel de Gérard Prunier »(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?), sur gerard-prunier.com (consulté le ) Curriculum vitae « Joining the French Socialist Party in 1981 and subsequently working (as unpaid militant) in association with the Africa Section of its International Secretariat , dealing with Eastern Africa . Sustained collaboration with the Presidential Africa Unit . Resigning in February 1994 following two years of growing disagreement with French policy in Rwanda »