En 2001, Henning Bommel remporte le titre de champion d'Allemagne de la poursuite par équipes. Il fait alors partie de l'équipe d'Allemagne pour les championnats du monde juniors, qui obtient la médaille d'argent de la poursuite par équipes. Quatre ans plus tard, il obtient ses premières performances en Coupe du monde, et remporte la poursuite par équipes à Los Angeles. En 2008, il est pour la première fois champion d'Allemagne de poursuite par équipes.
Sur route, Bommel réussit ses premières performances en 2006, remportant notamment sa première victoire, la 1re étape du Tour de Serbie. Il abandonne cependant le maillot de leader dès le lendemain à Anatoly Pakthuhov. L'année suivante, il prend la neuvième place du championnat d'Allemagne du contre-la-montre. En 2008, il remporte sa deuxième victoire, une étape du Tour de Bulgarie. Il rejoint en 2009 l'équipe LKT Brandenburg, n'obtenant pas de résultats significatifs lors de sa première saison.