Ordonné prêtre en 1924, Hubert Jedin enseigne l'histoire de l'Église à la faculté catholique de l'université de Breslau, au début des années 1930. Mais, comme sa mère est juive, il est persécuté par le régime nazi, qui annule ses titres universitaires et lui interdit tout accès aux institutions publiques. De 1936 à 1939, il travaille dans le diocèse de Breslau et échappe de peu à la déportation à Buchenwald. Il se réfugie alors à Rome, où il reste jusqu'en 1945. Il est nommé professeur à l'université de Bonn en 1948. Giuseppe Alberigo est l'un de ses étudiants.
En 1960, Jean XXIII le nomme assistant pour la phase préparatoire du concile Vatican II. Hubert Jedin continuera de travailler pour le concile jusqu'à sa fin, en 1965.
Hubert Jedin, auteur d'une quarantaine d'ouvrages, est membre de l'académie des Lyncéens.
Lebensbericht. Mit einem Dokumentenanhang, hrsg. Konrad Repgen (= Veröffentlichungen der Kommission für Zeitgeschichte, Mainz 1984, (ISBN3-7867-1086-4)
Heribert Smolinsky (Hrsg.): Die Erforschung der Kirchengeschichte. Leben, Werk und Bedeutung von Hubert Jedin (1900-1980) (= Katholisches Leben und Kirchenreform im Zeitalter der Glaubensspaltung, Bd. 61), Aschendorff, Münster 2001, (ISBN3-402-02982-0)