Professionnel de 1984 à 1990, Jørgen Vagn Pedersen a notamment remporté une étape du Tour de France 1985. L'année suivante, il porte le maillot jaune pendant 5 jours grâce à sa présence dans un groupe d'échappés arrivé avec plus de deux minutes d'avance sur le peloton lors de la septième étape[1]. En 1987, il participe au Tour de France avec l'équipe Carrera aux côtés du vainqueur Stephen Roche.