Vue de la cour du 9, allée des Tanneurs, à Nantes où se trouvait le Garage de l'Hôtel de Ville de Raymond Demy, le père de Jacques. Plusieurs scènes du film y sont tournées.
Le film retrace l'enfance nantaise, puis l'adolescence du réalisateur Jacques Demy. Le petit Jacques, dit Jacquot, vit au-dessus du garage familial. Très vite, il rêve de cinéma et de mise en scène. Il achète une minuscule caméra pour films 9,5 mm afin de tourner ses premières œuvres. Il finit par partir pour Paris suivre les cours d'une école de cinéma.
La narration est entrecoupée d'extraits de films réalisés dans le passé par Jacques Demy, comme Lola ou Peau d'Âne.
Le film évoque principalement les jeunes années de Jacques Demy, mais évoque aussi ses derniers mois, par des plans prolongés (parfois très rapprochés) de son visage et de son corps ; Jacques Demy est en effet mort peu de temps après la fin du tournage. Le film est empreint de l'affection qu'Agnès Varda porte à son mari, et de l'admiration qu'elle voue au réalisateur.
Jacquot de Nantes a été présenté hors-compétition au Festival de Cannes en 1991.
Une des scènes du film a été filmée avec une grue et des machinistes empruntés au film La Reine blanche, dont le tournage avait lieu simultanément à Nantes (en raison d'une insuffisance du budget).
Agnès Varda tenait à ce que Jacques Demy soit présent lors du tournage du film. Ainsi, lorsque la maladie de ce dernier s'aggrava, le garage Demy fut reconstruit en studio pour lui permettre de suivre le tournage tout en ayant des soins médicaux.