En tant que biologiste, J.-C. Baudet a surtout travaillé sur la taxonomie, la chimiotaxonomie et la génétique de la tribu botanique des Phaseoleae. On lui doit la découverte des « ancêtres » des haricots, notamment Phaseolus lunatus L. var. silvester Baudet. Il a également étudié les graminées vivrières (céréales).
En tant que philosophe, J.-C. Baudet étudie le problème de la connaissance selon l'approche de l'épistémologie historique (à ne pas confondre avec l'épistémologie génétique de Jean Piaget). Il a spécialement mis en évidence le lien entre science et technique dans la constitution des savoirs. Son "analyse des discours" distingue quatre périodes : les discours de plaisir (poésie), de souffrance (mythes), d'ordre (idéologies et droit), et les discours contre les discours, c'est-à-dire la philosophie et la science. Il a développé les concepts d'éditologie et de « science-technique-industrie » (STI).
A la découverte des éléments de la matière, Vuibert, Paris, 2009.
Curieuses histoires de la science. Quand les chercheurs se trompent, Jourdan, Bruxelles, 2010.
À quoi pensent les Belges? - Du prince de Ligne à Amélie Nothomb, qui sont nos intellectuels? ; Bruxelles (Jourdan Éditions), 2010. (ISBN978-2-87466-154-9)
Curieuses histoires des dames de la science, Jourdan, Bruxelles, 2010. (ISBN978-2-8746-6157-0)
Curieuses histoires de la pensée. Quand l'homme inventait les religions, Jourdan, Bruxelles, 2011.
Curieuses histoires des inventions, Jourdan, Bruxelles, 2011.
Curieuses histoires des entreprises, Jourdan, Bruxelles, 2012.
Les grands destins qui ont changé le monde, Jourdan, Bruxelles, 2012.
Histoire de la pensée de l'an Un à l'an Mil, Jourdan, Bruxelles, 2013.
La vie des grands philosophes, Jourdan, Bruxelles, 2013.
Histoire de la cuisine. Une philosophie du goût, Jourdan, Bruxelles, 2013.
Les agitateurs d'idées en France, La Boîte à Pandore, Paris, 2014.