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Joeri Stallaert se distingue en catégorie junior en 2009 en remportant le Tour des Flandres juniors. L'année suivante, il court en catégorie espoirs (moins de 23 ans).
Il devient professionnel en 2011, à 20 ans, au sein de l'équipe continentale professionnelleLandbouwkrediet. Il gagne la kermesse professionnelle de Ninove cette année-là. En début d'année 2012, il souffre d'une mononucléose qui l'empêche de courir pendant cinq mois. Après son retour en compétition, il s'impose lors de la Flèche du port d'Anvers[2]. À l'issue de la saison 2013, l'équipe Landbouwkrediet, renommée entretemps Crelan-Euphony, disparaît. Joeri Stallaert rejoint en 2014 l'équipe Veranclassic-Doltcini[3].