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Élevé dans le Puritanisme et très religieux, il croit fermement qu'il convient de purifier l’Église anglicane de tous les rites catholiques qui y subsistent pour ne plus offenser Dieu. Il pense que le seul moyen est de trouver un refuge loin de l’Angleterre pour exercer un nouveau rite. Avec d’autres Puritains, il obtient une charte royale de Charles Ier pour fonder une colonie commerciale en Amérique. Le il est un des signataires du Cambridge Agreement(en), qui autorise à ce que la Colonie de la baie du Massachusetts soit administrée de façon locale et non plus directement par l’Angleterre[1],[2].
À la tête d’un large contingent de onze navires et 700 passagers, il part d’Angleterre vers le Nouveau Monde pour rejoindre la colonie de la baie du Massachusetts, Nouvelle-Angleterre, lors du printemps 1630. C’est la plus grande flotte de colons anglais à ce jour. Il est élu gouverneur le , avant le départ. Il est 12 fois battu et réélu entre 1631 et 1648. Bien que personnalité politique respecté, il est critiqué pour son opposition à la formation d’une assemblée générale de la colonie, sorte de parlement, en 1634.
Comme gouverneur, il agit en modéré, restreignant les excès des Puritains purs et durs qui voulaient plus d’exécutions pour hérésies et le port de la coiffe pour les femmes.
Winthrop donna le célèbre sermon « A Model of Christian Charity » à l'occasion de la traversée d’Angleterre vers le Nouveau Monde[3]. Dans ce sermon, il déclare que les puritains du Nouveau Monde ont un pacte spécial avec Dieu et prononce la célèbre phrase sur la Cité sur la colline (The City upon a Hill(en)), reprise par nombre d'hommes politiques américains : « Nous serons la cité qui luit au loin sur la colline »[4].
Ce discours qui résumait des notions surtout connues dans la communauté puritaine, et qui parle également des devoirs des riches envers les pauvres, est aujourd'hui regardé comme fondateur du thème de la Destinée manifeste américaine.
John Winthrop se marie en premières noces à Mary Forth, le à Great Stambridge, Essex, Angleterre de qui il a six enfants. Elle meurt en et il se marie en secondes noces à Thomasine Clopton le à Groton, Suffolk, Angleterre. Cette dernière meurt le sans enfant.
Le , il se marie pour une troisième fois à Great Maplestead, Essex, Angleterre à Margaret Tyndal de qui il a six autres enfants, avant de partir d'Angleterre, et deux dans les colonies. Après la mort de Margaret, il se marie une quatrième fois à Martha Rainsborough autour du . Elle lui donne un autre enfant en 1648. Il meurt de cause naturelle en 1649.
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