Matthäus étudie l'histoire et la philosophie à l'université de Bochum. Diplômé Magister artium en 1986[1],[2], il soutient sa thèse de doctorat à Bochum en 1992, et devient ensuite Senior Historian au Ministère de la justice australien à Sydney.
Il travaille depuis 1994 pour le United States Holocaust Memorial Museum, où il dirige notamment l'unité de recherche du Jack, Joseph and Morton Mandel Center for Advanced Holocaust Studies à Washington[3]. Il a également été professeur invité de diverses universités aux États-Unis, en Australie et en Allemagne[4]. Il est membre du conseil international de la fondation Topographie de la Terreur[5]. Matthäus est auteur, éditeur et collaborateur de publications spécialisées dans le domaine de la Shoah.
Nationsbildung in Australien von den Anfängen weisser Besiedlung bis zum Ersten Weltkrieg (1788-1914) , Europäische Hochschulschriften: Reihe 3, Geschichte und ihre Hilfswissenschaften; Vol. 571, Lang, Frankfurt am Main/Berlin/Bern/New York/Paris/Vienne 1993
Totenkopf und Zebrakleid : ein Berliner Jude in Auschwitz / Erwin R. Tichauer, Metropol, Berlin 2000
Die Entfesselung der "Endlösung" : nationalsozialistische Judenpolitik 1939-1942 / Christopher Browning et Jürgen Matthäus, Propyläen, Berlin 2003. (Titre original: The origins of the final solution)
Ausbildungsziel Judenmord? : "Weltanschauliche Erziehung" von SS, Polizei und Waffen-SS im Rahmen der "Endlösung", Fischer-Taschenbuch-Verl., Frankfurt am Main 2003
Deutsche, Juden, Völkermord : der Holocaust als Geschichte und Gegenwart, WBG, Darmstadt 2006
Einsatzgruppen in Polen: Darstellung und Dokumentation, Band 12 der Veröffentlichungen der Forschungsstelle Ludwigsburg der Universität Stuttgart, Wissenschaftliche Buchgesellschaft, Stuttgart 2008, (ISBN978-3-534-21353-5)
Approaching an Auschwitz survivor : Holocaust testimony and its transformations, Oxford Univ. Press, Oxford; New York, NY 2009
Die "Ereignismeldungen UdSSR" 1941. Dokumente der Einsatzgruppen in der Sowjetunion, hrsg. von Klaus-Michael Mallmann, Andrej Angrick, Jürgen Matthäus und Martin Cüppers. Wissenschaftliche Buchgesellschaft, Darmstadt 2011, (ISBN978-3-534-24468-3)
↑(de) Gerhard Paul, Die Täter der Shoah. Fanatische Nationalsozialisten oder ganz normale Deutsche?, Gœttingue, Wallstein, , 276 p. (ISBN3-89244-503-6, lire en ligne), p. 274
↑Jahrbuch für Antisemitismusforschung, Volumes 3-4, Campus Verlag, 1994, p. 349