Historienne des religions de la fin de l’Antiquité, Madeleine Scopello est spécialiste de la gnose et du manichéisme (littérature directe et indirecte : textes coptes, grecs et latins. Doctrine, histoire et société, études sur les femmes). Ses recherches portent également sur la littérature juive intertestamentaire et mystique, les textes patristiques, les apocryphes chrétiens et les littératures de polémique religieuse.
En 2006, elle a organisé en Sorbonne le premier colloque international sur l’Évangile copte de Judas (27-, actes publiés sous sa direction en 2008). Elle a aussi coorganisé : « Les forces du bien et du mal dans les premiers siècles de l’Église »[3] (Université de Tours, 11-13/09/2008), avec B. Pouderon et Y.M. Blanchard. « Les textes de Nag Hammadi : Histoire des religions et approches contemporaines »[4] (Académie des Inscriptions et Belles-Lettres, 11-12/12/2008), avec J.-P. Mahé et P.-H. Poirier. En 2014 elle a organisé le colloque international « Les femmes dans le manichéisme occidental et oriental »[5], Université Paris-Sorbonne, Maison de la Recherche (27-28/06/2014).
Membre du comité éditorial de la collection « Nag Hammadi and Manichaean Studies », Leyde, Brill. Membre du comité de direction de la Rivista di Storia e Letteratura Religiosa, Turin/Florence, Leo Olschki. Membre du comité éditorial de la revue Gnosis, Leyde, Brill. Membre du conseil éditorial de la revue Le Monde des religions (groupe Le Monde). Directrice de la collection « Religions dans l’histoire », Presses universitaires Paris-Sorbonne (PUPS), créée en 2006[1].
L’Exégèse de l’âme, introd., trad., commentaire, Leyde, Brill, coll. « Nag Hammadi studies », 1985.
Les Gnostiques, Paris, Cerf, 1991 [traduction italienne : Gli Gnostici, Milan, Ed. Paoline, 1993].
L’Allogène (Nag Hammadi XI, 3), en collab. avec W.-P. Funk, P.-H. Poirier et J. D. Turner, coll. « Bibliothèque copte de Nag Hammadi. Section Textes », Québec, Presses de l’Université Laval & Louvain, Peeters, 2004 [trad. française du texte copte », p. 189-239].
Femme, Gnose et manichéisme : de l'espace du mythique au territoire du réel, Leyde, Brill, coll. « Nag Hammadi and Manichaean studies », 2005.
Saint Augustin, Sur la Genèse contre les Manichéens ; Sur la Genèse au sens littéral : livre inachevé, en collab. avec A.-I. Bouton, M. Dulaey & P. Monat., coll. « Bibliothèque augustinienne », Paris, Institut d’études augustiniennes, 2005 [Introduction. II : La polémique d’Augustin avec le manichéisme, p. 82-154].
Les Évangiles apocryphes, coll. « Petite bibliothèque des spiritualités », Paris, Plon, 2007.
The Gospel of Judas in Context, Proceedings of the First Conference on the Gospel of Judas held in Paris Sorbonne, 27th-28th October 2006, Edited by M. Scopello, « Nag Hammadi and Manichaean Studies » LXII, Leyde, Brill, 2008 (ISBN9789047442851))
Gnosis and Revelation. Ten Studies on Codex Tchacos, Edited by M. Scopello, Florence, Leo Olschki, 2009 (=Rivista di Storia e Letteratura Religiosa 46 (2008)/3).
Les textes de Nag Hammadi : Histoire des religions et approches contemporaines. Actes du Colloque international tenu à l’Académie des Inscriptions et Belles-Lettres, 11-, J.P. Mahé, P.-H. Poirier, M. Scopello éds., Paris, AIBL-Diffusion De Boccard, 2010.
‘In Search of Truth’: Augustine, Manichaeism and Other Gnosticism. Studies for Johannes van Oort at Sixty, Edited by J.A. van den Berg, A. Kotzé, T. Nicklas and M. Scopello, « Nag Hammadi and Manichaean Studies » LXXIV, Leiden, Brill, 2011.
Les forces du bien et du mal dans les premiers siècles de l’Église, Actes du Colloque Patristique IV, Université de Tours, 11-, Y.-M. Blanchard, B. Pouderon, M. Scopello éds., Paris, Beauchesne, 2011.
La Mystique théorétique et théurgique dans l’Antiquité gréco-romaine, S. Mimouni et M. Scopello éds., Turnhout, Brepols, 2016.