Il termine 2e de la Transat Anglaise en solitaire puis 2e de la Route du Rhum en 2002. Choisi comme skipper en 2005 par le groupe industriel SAFRAN, il termine 7e de la Route du Rhum - La Banque Postale à bord d'un monocoque 60 pieds loué par son sponsor. En 2007, à bord de Safran, son nouveau monocoque 60 pieds IMOCA, il termine second de la Transat Jacques-Vabre avec Charles Caudrelier puis ensemble, en 2009, ils la remportent. En 2008, il s'engage dans l'Artemis Transat, la mythique course en solitaire, et touche le but en 4e position. Il complète le podium de la Route du Rhum à bord de son monocoque Safran en 2010 et 2014. Il aligne trois podiums sur les cinq « Route du Rhum » d'affilée de 1998 à 2014 sans aucun abandon.
Marc Guillemot avec son Safran termine 3e du Vendée Globe 2008-2009 après avoir participé au sauvetage de Yann Éliès. Il achève sa course sans quille perdue aux Açores, à la suite d'une collision avec un cétacé au sud des iles Kerguelen.
En 2012, quelques heures après le départ du Vendée Globe, il perd une nouvelle fois la quille de son IMOCA. Cette fois, la quille en titane conçue et étudiée par les ingénieurs du Groupe Safran se brise quelques heures après le départ. Plusieurs erreurs de mise en œuvre apparaissent lors des expertises de la tête de quille restée solidaire du bateau. Le Vendée Globe 2012-2013 dure 5h30 et Marc Guillemot est contraint de rentrer aux Sables-d'Olonne[1].
En 2013, Marc Guillemot à bord du monocoque Safran, établit un nouveau record en solitaire sur la traversée de l’Atlantique entre New York et Cap lizard en 8 jours et 5 heures.
Dernière route du rhum à bord du monocoque Safran en 2014, avec une troisième place et la fin de 10 années de collaboration avec le Groupe Safran et dix podiums avec le bateau.
En 2018, Marc Guillemot et Martine Camus co organisent le Trophée des Multicoques qui, dans les années 1980, a permis l'évolution des multicoques. Cette manifestation s'est déroulée à La Trinité sur Mer du 28 au . L'édition 2 s'est déroulée du 28 au 31 août 2019.
En 2019, Marc Guillemot lance un nouveau projet: Duo Mixte sur La Solitaire du Figaro[2].
Le concept original est simple: sélectionner une fille et un garçon parmi de jeunes talents d'âge situé entre 18 et 30 ans pour courir sur deux saisons la Solitaire du Figaro et le programme associé. Le projet sera basé à La Trinité/Mer pour la partie nautique et sur l'autre rive dans les locaux SOG à St Philibert pour la préparation sportive et la tenue administrative.
Le 9 novembre 2022, après un report du départ de 3 jours dû à des conditions météo très difficiles, il prend le départ de la Route du Rhum 2022 sur son catamaran MG5 Metarom en classe Rhum Multi et termine 3e en 16 jours 17 h 51 min et 6 s.
abandon dans la Transat Jacques-Vabre (sur le 60 pieds ORMA Biscuiterie LA TRINITAINE, avec Jean-Luc Nélias casse de la dérive, puis assistance à l'équipage de Paul Vatine)
abandon dans la Course de l'Europe (sur le 60 pieds ORMA Biscuiterie LA TRINITAINE, perte d'un équipier au large des Baléares)
abandon dans la Transat Jacques-Vabre (fissures sur le pont de coque centrale du 60 pieds ORMA Biscuiterie LA TRINITAINE-Team ETHYPHARM, avec Yann Guichard)
Abandon : Cherbourg-Taragone (casse de l'étrave du 60 pieds ORMA Biscuiterie LA TRINITAINE-Team ETHYPHARM)