Il est étudiant auprès de Mikio Satō à l'Université de Tokyo. Il obtient son doctorat en 1974 avec une thèse intitulée On the maximality overdetermined system of linear differential equations[1].
Kashiwara et Sato ont établi les fondations de la théorie des systèmes d'équations aux dérivées partielles linéaires à coefficients analytiques, l'introduction d'une approche cohomologique en suivant l'esprit de la théorie des schémas d'Alexandre Grothendieck. Joseph Bernstein a introduit une approche similaire dans le cas des coefficients polynomiaux. Le mémoire de maîtrise de Kashiwara établit les fondements de la théorie des D-modules. Sa thèse de doctorat prouve la rationalité des racines de b-fonctions (polynômes de Bernstein-Sato), à l'aide de la théorie des D-modules et de la résolution des singularités(en)[2].
1990 : orateur invité au congrès international des mathématiciens à Kyōto, avec une intervention sur Crystallizing the q-analogue of universal enveloping algebras
Masaki Kashiwara et Charles Cochet (rédaction), Bases cristallines des groupes quantiques, Société mathématique de France, coll. « Cours spécialisés » (no 9), , viii+115 p. (ISBN978-2856291269)
Masaki Kashiwara, Faisceaux constructibles et systèmes holonomes d'équations aux dérivées partielles linéaires à points singuliers réguliers, Séminaire Goulaouic-Schwartz, 1979-1980, exposé 19.
(en) Masaki Kashiwara, Analytic study of partial differential equations : Master's Thesis, université de Tokyo, (lire en ligne) (Traduction française: Mémoires de la Société mathématique de France, Série 2, 63, 1-72, 1995.)
(en) Victor Guillemin, Masaki Kashiwara et Takahiro Kawai, Seminar on micro-local analysis, Princeton, N.J. Tokyo, Princeton University Press University of Tokyo Press, coll. « Annals of Mathematical Studies », (ISBN9780691082325)Seminar on micro-local analysis / par Victor W. Guillemin, Masaki Kashiwara, et Takahiro Kawai (1979), (ISBN978-0691082325)
(en) Systems of microdifferential equations Masaki Kashiwara ; notes et traduction par Teresa Monteiro Fernandes ; introduction par Jean-Luc Brylinski (1983), (ISBN978-0817631383)
(en) Introduction to microlocal analysis M. Kashiwara (1986)
(en) Foundations of algebraic analysis par Masaki Kashiwara, Takahiro Kawai, et Tatsuo Kimura ; traduit par Goro Kato (1986), (ISBN978-0691084138)
(en) Algebraic analysis : papers dedicated to Professor Mikio Sato on the occasion of his sixtieth birthday édité par Masaki Kashiwara, Takahiro Kawai (1988), (ISBN978-0124004665)
Masaki Kashiwara, Atsushi Matsuo, Kyoji Saito et Ikuo Satake, Topological field theory, primitive forms and related topics, Birhaüser, coll. « Progress in Mathematics » (no 160), , ix+493 p. (ISBN978-0817639754, DOI10.1007/978-1-4612-0705-4)
Masaki Kashiwara et Tetsuji Miwa, MathPhys Odyssey 2001 : Integrable models and beyond: in honor of Barry M. McCoy, Birhaüser, coll. « Progress in Mathematical Physics » (no 23), , x+476 p. (ISBN978-0817642600, ISSN1544-9998, DOI10.1007/978-1-4612-0087-1)
Masaki Kashiwara (trad. Mutsumi Saito), D-modules and microlocal calculus, American Mathematical Society, coll. « Translations of Mathematical Monographs » (no 217), , 254 p. (ISBN978-0821827666)
Masaki Kashiwara et Pierre Schapira, Categories and sheaves, Springer, coll. « Grundlehren der mathematischen Wissenschaften » (no 332), , x+498 p. (ISBN978-3-540-27949-5 et 978-3-642-06620-7)