Formanek a fait ses études à l'Université d'État de Californie. Il commence sa carrière musicale dans les années 1980 en jouant aux côtés de Freddie Hubbard, Joe Henderson, Dave Liebman, Fred Hersch, entre autres. En 1990, il enregistre son premier album Wide Open Spaces en tant que compositeur, avec Greg Osby au saxophone, Mark Feldman au violon, Wayne Krantz à la guitare et Jeff Hirshfield à la batterie ; son second album en 1992 Extended Animation est créé avec le même ensemble, à l'exception de Tim Berne qui remplace Osby au saxophone et qui va devenir un de ses partenaires les plus marquants dans les années suivantes.
Extended Animation (Enja Records, 1992), avec Mark Feldman, Vic Firth, Jeff Hirshfield, Wayne Krantz, Greg Osby
Loose Cannon (Soul Note, 1993), avec Tim Berne, Mark Feldman, Jeff Hirshfield, Wayne Krantz
Low Profile (Enja Records, 1994), avec Tim Berne, Salvatore Bonafede, Dave Douglas, Marty Ehrlich, Frank Lacy, Marvin Smitty Smith
Nature of the Beast (Enja Records, 1996), avec Tim Berne, Jim Black, Dave Douglas, Tony Malaby, Chris Speed, Steve Swell
Ornery People (Little Brother, 1998) avec Tim Berne
Am I Bothering You?, album solo (Screwgun, 1999)
The Rub and Spare Change (2010, ECM) avec Craig Taborn, Tim Berne et Gerald Cleaver[4]
Small Places (2012, ECM) : Tim Berne (saxophone alto), Craig Taborn (piano), Michael Formanek (contrebasse), Gerald Cleaver (batterie et shruti box) ; enregistré en à New York
The Distance (2016, ECM), avec l'Ensemble Kolossus (Loren Stillman, Oscar Noriega, Chris Speed, Brian Settles, Tim Berne, Dave Ballou, Ralph Alessi, Shane Endsley, Kirk Knuffke, Alan Ferber, Jacob Garchik, Ben Gerstein, Jeff Nelson, Patricia Brennan, Mary Halvorson, Kris Davis, Tomas Fujiwara, Mark Helias)[5],[6]