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À partir des années 1980, il remporte les premiers prix aux concours internationaux d'orgue (Haarlem, Beauvais, Lyon, Nuremberg, St. Albans, Strasbourg et Rennes) pour ses interprétations, improvisations ou compositions.
Ses œuvres comprennent des pièces instrumentales (orgue, flûte, hautbois, clarinette, basson, cor, trompette, harpe, guitare, violon, alto, violoncelle, piano, clavecin, célesta), de la musique symphonique (Les Noces de l'Agneau, Hymne de l'Univers, Ouverture Libanaise, Påskeblomst, cinq concertos pour orgue, un concerto pour violon, un concerto pour piano, un concerto pour txistu, Levantine Variations pour violoncelle et orchestre) de la musique vocale (oratorio Saul de Tarse, cantate Phèdre, Magnificat et trois messes).
FLUTE/TXISTU/Flûte à bec - CAPRICE EN RONDEAU for flute and piano (1998) Leduc - DIPTYQUE pour flûte (ou txistu en fa) et piano (ou clavecin ou orgue) (2014) Schott - CONCERTO pour txistu (version concertante pour txistu et piano) (2016) Schott - BASQUE ANTHOLOGY for txistu in F (recorder or flute) and piano (harpsichord or organ) (2017) U.M.P. - QUATRE PRÉLUDES pour flûte (flûte à bec en fa ou txistu) et clavier (2017) Schott
HAUTBOIS - CANTILENA for oboe and piano (2019) Schott
CLARINETTE - OUR LADY'S MINSTREL for clarinet and piano (2017) Schott
BASSON - GAVOTTE for bassoon and piano (or harp) (2019) Schott
QUATUOR DE BASSONS - PRÉLUDE ET FUGUE for bassoon quartet (1983) U.M.P.
COR - ROMANCE for horn and piano (2019) Schott
TROMPETTE - SONATA for trumpet and piano (2017) U.M.P. (arrangement of the sonata for trumpet and organ)
QUATUOR DE TROMBONES - INVENTION for trombone quartet (2018) U.M.P.
CARILLON - HYMN TO ALBERTO GIACOMETTI’S WOMAN WITH CHARIOT for carillon (2009) American Carillon Music Editions
HARPSICHORD - SHASTA for harpsichord or piano (1986) Schott
PIANO - SHASTA for harpsichord or piano (1986) Schott - DUMIA for piano (2001) ABRSM - OUVERTURE LIBANAISE for piano (2001) Leduc - AALAIKI'SSALAAM for piano (2009) Schott - GLENALMOND SUITE for piano (2009) U.M.P. - WALTZ for piano (2012) Schott - ESQUISSES PERSANES pour piano (2012) Schott - VARIATIONS SUR «AUPRÈS DE MA BLONDE» pour piano (2012) Schott - SONATE BASQUE pour piano (2016) Schott - BADINERIE for piano four hands (1976) Schott - CONCERTO FOR PIANO (version for 2 pianos) (2014) Schott
PIANO ET QUINTETTE A CORDES - SEXTUOR for piano (or organ) and string quintet (1988) U.M.P. - CONCERTO FOR PIANO (version for piano and string quintet) (2014) Schott
HARPE - JEU for harp (1987) Billaudot - SONATE pour harpe (2017) Schott
VIOLON - SONATA FOR VIOLIN SOLO (1994) Leduc - FANTASIA for violin solo over Edvard Munchs "unge mennesker på stranden" (2010) Schott - SONATE POUR VIOLON ET PIANO (2000) Leduc - CAPRICCIO for violin and piano (2005/2016) U.M.P. - OUR LADY'S MINSTREL for violin and piano (2017) Schott
ALTO - FANTASIA for viola and piano (2018) Schott
QUATUOR D'ALTOS - ARIA for viola quartet (2013) Schott
QUATUOR A CORDES - PÅSKEBLOMST for string quartet (2007) U.M.P. - TWO MARONITE CAROLS for string quartet (2013) Schott - VARIATIONS ON A MARIAN HYMN Ya Mariamu lbikru fuqti for string quartet (2019)
GUITARE - VARIATIONS on "Sweet Sacrament Divine" for guitar (2019) -
QUATUOR DE GUITARES - DIVERTIMENTO for guitar quartet (1987) U.M.P.
QUINTETTE A VENT - CARNAVAL for wind quintet (2016) Schott - SUITE FRANÇAISE for wind quintet (2017) Schott
QUINTETTE A VENT ET PIANO - RONDO for wind quintet and piano with txistu (flute or recorder in F) ad libitum (2017) U.M.P.
QUINTETTE DE CUIVRES - HYMN TO ALBERTO GIACOMETTI’S WOMAN WITH CHARIOT for brass quintet (2009) Schott
ENSEMBLE DE CHAMBRE - SAKSKØBING PRÆLUDIER for chamber ensemble (2005) Combre - KAMMERKONCERT No 1 (2008) Leduc - KAMMERKONCERT No 2 (2011) Combre
Naji Hakim plays Naji Hakim : All My Founts Shall Be With You - I Love The Colourful World - Sakskøbing Præludier -To Call My True Love To My Dance - Glenalmond Suite - Aalaiki'ssalaam (SIGNUM SIGCD222)[2]
Naji Hakim plays Naji Hakim : Bach'orama - Jonquilles - Mit seinem Geist - Theotokos - Salve Regina - Gershwinesca (SIGNUM SIGCD284)[3]
Naji Hakim plays Naji Hakim : Toccata - Petite Suite - Die Apostel for organ duo - Ave Maria - Hommage à Jean Langlais - Esquisses Grégoriennes - Arabesques (SIGNUM SIGCD389)[4]
La joie dans l'œuvre de Naji Hakim, sœur Marie-Véronique Ruyssen, orgue : Trois Paraphrases sur le Veni Creator (World premiere recording) - Capriccio pour violon et orgue - Toccata - Wie schön leuchtet der Morgenstern pour hautbois et orgue - Variations on Two Themes - Sonate pour trompette et orgue - Glenalmond Suite - Mariales - Ezpata Dantza (World premiere recording) (MONTHABORD)[5]
Naji Hakim : Piano works (world premiere recording)[7], Nicolas Chevereau, piano. Ouverture Libanaise - Glenalmond Suite - Dumia - Shasta - Esquisses Persanes - Valse - Aalaiki'ssalaam - Variations sur "Auprès de ma blonde" (REJOYCE JOY CLASSIC15)[8]