Membre de la Société asiatique, du bureau du Comité international d’études pré-ottomanes et ottomanes et du comité de rédaction puis directeur de la rédaction de la revue Turcica, il est directeur des publications de la IVe Section de l’École pratique des Hautes Études[2].
Il est le fils de Claude Vatin (professeur d'histoire grecque à l'université de Provence) et le frère de François Vatin, professeur de sociologie à l'Université Paris-Nanterre.
Ses principaux thèmes de recherches sont l'Empire ottoman des XVe – XVIe siècles, l'histoire de la Méditerranée orientale, la succession des sultans ottomans, les cimetières et la mort ainsi que la traduction et l'analyse de chroniques ottomanes[3].
L'ordre de Saint-Jean-de-Jérusalem, l'Empire ottoman et la Méditerranée orientale entre les deux sièges de Rhodes (1480-1522), Louvain-Paris, Peeters, 1994 (traduction turque parue aux éditions Tarih Vakfi, Istanbul, 2004)
Sultan Djem. Un prince ottoman dans l'Europe du XVe siècle d'après deux sources contemporaines : Vâkı'ât-ı Sultân Cem, œuvres de Guillaume Caoursin, Ankara, Société Turque d'Histoire, 1997
Rhodes et l'ordre de Saint-Jean-de-Jérusalem, Paris, CNRS Éditions, 2000[5]
avec Stéphane Yerasimos : Les cimetières dans la ville. Statuts, choix et organisation des lieux d'inhumation dans Istanbul intra-muros, Paris-Istanbul, Institut Français d'´Études Anatoliennes - Librairie d'Amérique et d'Orient (Maisonneuve), 2001
Les Ottomans et l'occident (XVe – XVIe siècles), Istanbul, Isis, 2001 (recueil d'articles)
avec Gilles Veinstein : Le Sérail ébranlé. Essai sur les morts, dépositions et avènements des sultans ottomans. XIVe – XIXe siècles, Paris, Fayard, 2003 (traduction turque prévue chez l'éditeur Tarih Vakfi, Istanbul)[6]
avec Gilles Veinstein : Insularités ottomanes, Paris, Institut français d'études anatoliennes et Maisonneuve & Larose, 2004 (publication des actes d'un colloque)
avec Edhem Eldem : L’épitaphe ottomane musulmane. Contribution à une histoire de la culture ottomane, Paris-Louvain, Peeters, 2007
Ferîdûn Bey. Les plaisants secrets de la campagne de Szigetvar. Édition, traduction et commentaire desfolios 1 à 147 du Nüzhetü-l-esrâr-il-ahbâr der sefer-i Sigetvâr(ms. H 1339 de la Bibliothèque du Musée de Topkapi Sarayi, Vienne-Munster, LIT Verlag, 2010
avec Gilles Veinsein et Elizabeth Zachariadou, Catalogue du fonds ottoman des archives du Monastère de Saint-Jean à Patmos. Les vingt-deux premiers dossiers, Athènes, Fondation Nationale de la Recherche Scientifique, Institut d’Études Byzantines, 2011,
↑Décret du 29 novembre 2023 portant promotion et nomination dans l'ordre national du Mérite (lire en ligne)
↑Xavier Labat Saint-Vincent, « Nicolas Vatin, "Rhodes et l'Ordre de Saint-Jean de Jérusalem" », Histoire, économie & société, vol. 21/22, , p. 279-280 (lire en ligne)
↑Maxime Durocher, « François Georgeon, Nicolas Vatin, Gilles Veinstein (dir.), "Dictionnaire de l'Empire ottoman", avec la collaboration d'Elisabetta Borromeo », Revue de l'Occident musulman et de la Méditerranée, vol. 143, no 1, (lire en ligne)
↑Mathias Enard, « Adieu Byzance ! », Le Monde, (lire en ligne, consulté le )