C'est le fils de Georg Selnecker, notaire et par ailleurs secrétaire de mairie, et de Dorothea (née Peer). La famille part rapidement (entre 1534 et 1536) pour Nuremberg où il devient organiste de la chapelle du château en 1542. Le , Nikolaus Selnecker commence à étudier à l'université de Wittemberg où il obtient son diplôme de magister le . Il devient membre de la faculté de philosophie le et doyen à l'été 1556. L'amitié qui lie son père avec Philippe Mélanchthon lui ouvre les portes de ce dernier qui le recommande comme prédicateur à la cour de Dresde. Il est ordonné prêtre à Wittemberg le et se marie en 1559. En , Selnecker arrive à Iéna comme professeur de théologie mais très vite les gnésio-luthériens lui intiment l'ordre de libérer les lieux. Il rejoint alors Leipzig en 1568 pour le même poste de professeur de théologie et obtient le titre de docteur en théologie le à Wittemberg. Les gnesio-luthériens continuent à gêner l'action du philippiste qu'il revendique toujours être. Il participe alors à la création de l'université de Helmstedt avant d'être nommé pasteur de l'église Saint-Thomas de Leipzig. Les troubles occasionnés par les différentes factions protestantes l’emmène à Magdebourg, puis Hildesheim. Peu de temps avant de mourir, Selnecker revient à Leipzig où il sera enterré à Saint-Thomas en grande pompe.
Selnecker a laissé 170 revues, dont la luthérienne Historia (1575) et plus de 120 cantiques dont certains figurent encore dans les livres de messe allemand.
Psalter Davids mit kurzen Summarien und Gebetlein, 1572
Institutio religionis christianae continens explicationem locorum theologicorum, 1573, 1579
Historia Lutheri, 1575, dt. 1578
Commentarius in omnes Pauli epp., 1578
Commentarius in harmoniam evang., 1578;
Noatio de studio theologiae, 1579; Colloquia oder Tischreden M. Luthers, 1580
Jungfrauenspiegel und von Notwendigkeit wahrhafter Kirchenzucht, 1580
Examen ordinanorum aut Forma explicationis examinis ordinandorum, olim scripti a Ph. Melanchthone, instituta et accommodata ad veram confessionem, 1582, 1584 et 1592
Operum lat. partes IV, 1584-93
Christliche Psalmen, Lieder und Kirchengesänge 1587